员工被批捕后，单位应立即启动内部审查程序，并根据审查结果及法律规定，采取解除劳动合同或中止劳动合同履行等合法措施，同时注意保留相关证据并履行通知义务。 具体处理方式如下：

1. 立即启动内部审查程序

   • 单位在得知员工被批捕后，应首先进行内部审查，核实员工被批捕的具体原因、涉嫌的罪名以及案件的进展情况。
   • 审查过程中，单位应确保不侵犯员工的合法权益，同时收集与案件相关的证据材料，如批捕通知书、员工的工作记录、考勤记录等，以备后续处理之需。

2. 根据审查结果及法律规定，采取合法措施

   • 解除劳动合同：若员工被批捕的罪名涉及严重违法犯罪行为，且该行为与员工的工作职责或单位利益存在直接关联，单位有权依据《劳动合同法》的相关规定，解除与该员工的劳动合同。在解除劳动合同前，单位应确保已收集到充分的证据证明员工的违法行为，并遵循法定的解除程序，如提前通知员工、支付经济补偿等。
   • 中止劳动合同履行：若员工被批捕的罪名与工作职责无直接关联，或单位认为暂时不宜解除劳动合同，单位可以选择中止劳动合同的履行。中止期间，单位无需支付员工工资，但应保留员工的职位，待案件审结后再根据具体情况决定是否恢复劳动合同的履行或解除劳动合同。

3. 注意保留相关证据并履行通知义务

   • 在处理过程中，单位应妥善保管与员工被批捕及后续处理相关的所有证据材料，以备可能的法律纠纷之需。
   • 同时，单位应及时将员工被批捕的情况及单位的处理决定通知员工本人及其家属，确保信息的透明度和公正性。若员工被批捕后无法继续履行工作职责，单位还应及时通知相关客户或合作伙伴，避免造成不必要的损失。

4. 关注案件进展，及时调整处理策略

   • 单位应密切关注员工被批捕案件的进展情况，及时了解案件的审判结果。根据审判结果，单位应及时调整处理策略，如若员工被判无罪或罪行较轻，单位应考虑恢复劳动合同的履行或给予相应的补偿；若员工被判有罪且罪行严重，单位则应坚持解除劳动合同的决定。

特殊情形下的处理：

• 若员工被批捕后，单位因未及时采取合法措施而遭受损失，单位有权向员工追偿。但追偿过程中，单位应确保已尽到合理的审查义务和通知义务，避免因自身过错而承担不必要的法律责任。
• 若员工被批捕的罪名涉及单位商业秘密或知识产权等核心利益，单位应立即采取措施保护自身权益，如申请法院采取保全措施、加强内部保密管理等。