关于承包农村集体种养殖小二型水库50年是否有效的问题，结论需分情况讨论，具体分析如下：
1. 承包期限的合法性分析
根据《中华人民共和国农村土地承包法》（2019年修正）第三条、第二十一条规定：
- 耕地承包期：一般为30年；
- 草地承包期：30年至50年；
- 林地承包期：30年至70年；
- 其他方式承包（如水库、荒山等）：承包期限由双方协商确定，但需符合“合理期限”原则，且不得违反法律强制性规定。
关键点：
水库承包属于“其他方式承包”，法律未明确规定上限期限，但需满足“合理期限”要求。50年期限是否有效，需结合以下因素判断：
- 合同签订时间：若合同签订于2005年，需参考当时有效的《农村土地承包法》（2003年实施）及地方性法规。早期法律对“其他方式承包”期限限制较宽松，50年可能被认定为有效；
- 地方性规定：部分省份对水库承包期限有补充规定（如最长不超过30年），若存在此类规定，50年可能因违反地方性法规而部分无效；
- 合同内容合法性：若合同未违反法律强制性规定（如未改变水库用途、未损害集体利益），期限条款可能被支持。
2. 合同效力的潜在风险
即使合同签订时50年期限未被明确禁止，仍需注意以下风险：
- 最长保护期限：根据《民法典》第一百五十三条，违反公序良俗或法律强制性规定的合同条款无效。若50年期限被认定为“不合理过长”，可能被法院调整为合理期限（如30年）；
- 集体成员权益：若承包期限过长导致集体成员利益受损（如影响后续分配、使用），可能引发纠纷，法院可能以“显失公平”为由调整期限；
- 政策变化影响：若承包期内国家出台新政策（如水库功能调整、生态保护要求），可能影响合同履行，但不影响期限条款本身的效力。
3. 实务建议
- 核查地方性法规：联系当地农业农村部门或查阅省级《农村土地承包条例》，确认水库承包期限是否有特殊规定；
- 评估合同内容：检查合同是否明确约定用途（如养殖、灌溉）、违约责任、期限调整机制等，确保条款合法合规；
- 协商调整期限：若期限存在争议，可与集体协商缩短至合理范围（如30年），并签订补充协议；
- 法律救济途径：若发生纠纷，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院起诉，由司法机关裁定期限效力。
总结：
2005年签订的50年水库承包合同，若未违反当时法律及地方性规定，且合同内容合法，可能被认定为有效；但若期限被认定为“不合理过长”或违反地方性法规，可能被调整为合理期限。建议结合具体法规和合同条款进一步评估，必要时咨询专业律师制定应对方案。