针对您提出的“高标准农田违法占地由谁处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
高标准农田违法占地的处理，主要依据相关法律法规，并由多个部门协同进行。首先，我们要明确的是，违法占用高标准农田（属于农用地范畴）是一种严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。
一、行政处罚部门
自然资源部门：这是处理违法占地问题的主要部门。自然资源部门负责土地资源的规划、管理、保护和监督等工作。对于违法占用高标准农田的行为，自然资源部门有权进行调查取证，并根据违法情节的轻重，依法作出责令退还非法占用的土地、限期拆除或没收在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，并可并处罚款等行政处罚决定。
农业农村部门：虽然农业农村部门不直接负责土地违法案件的查处，但在高标准农田的建设、管理和保护方面，农业农村部门也承担着重要职责。他们可以与自然资源部门协同工作，提供技术支持和政策指导，共同打击违法占地行为。
二、行政处罚措施
责令退还非法占用的土地：这是最基本的处罚措施，要求违法者立即停止违法行为，并将非法占用的土地退还给原土地使用者或集体。
限期拆除或没收违法建筑物：对于在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，自然资源部门有权责令违法者在规定期限内拆除；逾期不拆除的，将依法申请人民法院强制执行，或者没收违法建筑物。
罚款：根据违法情节的轻重和占用土地的面积大小，自然资源部门可以对违法者处以相应的罚款。罚款标准通常按照每平方米一定金额来计算，具体数额根据相关法律法规和地方政策而定。
三、刑事责任追究
如果违法占用高标准农田的行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法占用农用地罪是指违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成耕地、林地等农用地大量毁坏的行为。对于犯此罪行的违法者，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
四、协同处理机制
在实际处理过程中，自然资源部门、农业农村部门以及公安、法院等司法机关将形成协同处理机制。自然资源部门负责行政处罚的调查和执行；农业农村部门提供技术支持和政策指导；公安部门负责打击涉及违法占地的犯罪行为；法院则负责审理相关行政诉讼和刑事诉讼案件。
综上所述，高标准农田违法占地的处理是一个涉及多个部门、多种法律措施的复杂过程。如果您发现身边有此类违法行为，建议及时向当地自然资源部门或农业农村部门举报，以便相关部门能够及时介入处理。