结论：在您描述的情况下，是否可以起诉“黑诊所”取决于多个因素，包括手术与上半身疼痛之间的因果关系、诊所的过错程度、已签署协议的内容等。即便已经退款并签署了协议，也并不意味着您完全丧失了起诉的权利，但需要仔细评估协议内容以及现有证据。
详细分析：
因果关系与过错认定：
- 要起诉诊所，首先需要证明宫颈糜烂修复手术与上半身疼痛之间存在因果关系。这通常需要医学专家的鉴定或证明，以确认手术是否直接或间接导致了您的疼痛。
- 同时，需要证明诊所在手术过程中存在过错，如操作不当、未履行告知义务等。这可以通过医疗记录、专家证言等证据来支持。
已签署协议的影响：
- 您提到已经退款并签署了协议。协议的内容至关重要，如果协议中包含了对您权利的放弃或限制，如“双方就此事再无争议”等条款，那么这可能会影响您后续起诉的权利。
- 如果协议并未明确排除您因手术导致的其他损害的索赔权利，或者协议是在您不了解真实情况（如疼痛原因未查明）的情况下签署的，那么您可能仍有权起诉。
起诉的法律依据：
- 根据《民法典》中关于侵权责任的规定，如果诊所的过错行为导致了您的损害，您有权要求诊所承担侵权责任，包括赔偿损失等。
- 同时，如果诊所存在非法行医等违法行为，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。
建议行动：
- 收集证据：包括医疗记录、专家证言、疼痛记录等，以证明手术与疼痛之间的因果关系以及诊所的过错。
- 审查协议：仔细审查已签署的协议，了解其中是否包含对您权利的限制或放弃。
- 咨询专业律师：在决定起诉前，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估，了解起诉的可行性和可能的结果。
可能后果：
- 如果证据充分，且协议未限制您的索赔权利，您有可能获得赔偿，包括医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。
- 如果协议中包含了对您权利的限制或放弃，或者证据不足，那么您起诉的成功率可能会降低。
进一步思考：
- 在考虑起诉前，您还可以尝试与诊所进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。
- 如果决定起诉，需要做好充分的准备，包括收集证据、了解法律程序等。
总之，虽然已经退款并签署了协议，但您仍然有可能根据具体情况起诉“黑诊所”。建议您在决定起诉前，仔细评估协议内容、收集证据，并咨询专业律师的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。