取保候审后检察院不起诉了，保证金一般会在解除取保候审的同时退还。以下是对这一问题的详细解答：

法律依据与流程

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，取保候审的保证金是在犯罪嫌疑人、被告人遵守取保候审规定的前提下，由决定机关（通常是公安机关或检察院）在解除取保候审时一并退还的。具体来说，当检察院作出不起诉决定后，意味着案件已经终结，不再需要继续取保候审，因此保证金应当予以退还。

退还保证金的流程

1. 解除取保候审：首先，需要由决定机关（如公安机关或检察院）出具解除取保候审的决定书或通知书。
2. 办理退还手续：犯罪嫌疑人或其代理人（如律师）需持解除取保候审的决定书或通知书，以及缴纳保证金的凭证（如收据），到决定机关指定的银行或相关部门办理保证金退还手续。
3. 领取保证金：在办理完退还手续后，犯罪嫌疑人或其代理人可以领取退还的保证金。

特殊情况与注意事项

1. 违反取保候审规定：如果犯罪嫌疑人在取保候审期间违反了相关规定，如未经批准离开居住地、干扰证人作证等，决定机关有权没收部分或全部保证金。在这种情况下，即使检察院作出不起诉决定，保证金也可能不会全额退还。
2. 退还时间：虽然法律没有明确规定退还保证金的具体时间，但通常会在解除取保候审后的一段时间内完成。如果决定机关拖延退还，犯罪嫌疑人或其代理人可以向相关部门投诉或寻求法律帮助。
3. 退还凭证：在办理退还手续时，务必携带好缴纳保证金的凭证（如收据），以便顺利办理退还手续。

后续建议

1. 保留相关证据：在办理取保候审和退还保证金的过程中，务必保留好所有相关证据和文件，如取保候审决定书、缴纳保证金的收据、解除取保候审的决定书等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将起到关键作用。
2. 及时咨询：如果在退还保证金的过程中遇到任何问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律帮助和指导。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。