合作协议里甲方没签字但是有盖章，该协议一般是有效的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同也成立。这意味着，签字或盖章都是合同成立的有效方式，二者具有同等的法律效力。因此，如果合作协议中甲方虽然没有签字，但是已经盖章，且该协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议一般是有效的。

实践角度

1. 盖章的效力：在实际商业活动中，盖章往往被视为公司或组织对合同内容的确认和接受。因此，即使甲方没有签字，只要其盖章真实有效，且该盖章行为代表了甲方的真实意愿，那么该协议就应当被视为有效。
2. 合同履行情况：如果协议签订后，双方已经按照协议内容开始履行各自的义务，且没有提出异议，那么这也进一步证明了该协议的有效性。在这种情况下，即使甲方没有签字，也不能否认其已经通过盖章和实际履行行为接受了协议的内容。

特殊情况

当然，也存在一些特殊情况可能导致协议无效或可撤销。例如：

1. 盖章非甲方真实意愿：如果甲方能够证明其盖章行为并非出于真实意愿，而是受到了欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该协议可能因存在重大误解或显失公平而被撤销。
2. 协议内容违法：如果协议内容违反了法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，那么该协议自始无效，无论甲方是否签字或盖章。

建议

1. 核实盖章真实性：在签订合作协议时，务必核实对方的盖章是否真实有效，可以通过查询对方公章备案信息、要求对方提供盖章授权文件等方式进行核实。
2. 保留证据：在协议签订和履行过程中，务必保留好相关证据，如协议文本、履行凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
3. 及时咨询：如果对协议的效力或履行过程中遇到的问题存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。