在最高额保证合同中，已经归还的部分通常不计入未归还的债务额度内。以下是对这一问题的详细解释：
一、最高额保证合同的基本概念
最高额保证合同是指保证人与债权人协议，在最高债权额限度内，对一定期间连续发生的债权提供保证的合同。这种合同的特点在于，它设定了一个最高限额，在这个限额内，保证人对债权人因债务人连续发生的债权所承担的保证责任是有效的。
二、已归还部分是否计入额度
合同约定优先：
- 最高额保证合同的具体条款是确定已归还部分是否计入额度的关键。如果合同中明确约定了已归还的部分不计入未归还的债务额度内，或者约定了债务额度的计算方式（如按照实际未归还的债务计算），那么应当遵循合同的约定。
一般原则：
- 在没有特定合同约定的情况下，根据最高额保证合同的一般原则，已归还的部分通常不计入未归还的债务额度内。因为最高额保证合同的核心是设定一个最高限额，保证人只在这个限额内承担保证责任。一旦债务得到部分或全部归还，相应的债务额度就会减少，保证人的保证责任也会相应减轻。
法律支持：
- 虽然具体的法律条文可能并未直接提及“已归还部分是否计入额度”，但根据《中华人民共和国民法典》中关于保证合同的一般规定，以及最高额保证合同的特性，可以合理推断出已归还部分通常不计入未归还的债务额度内。因为保证人的责任范围是以最高债权额为限的，已归还的债务自然不再属于保证人的责任范围。
三、实际操作中的注意事项
仔细审查合同条款：
- 在签订最高额保证合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于债务额度的计算方式和已归还部分的处理方式。确保合同条款明确、具体，以避免未来可能出现的争议。
保留相关证据：
- 在债务归还过程中，务必保留好相关的还款凭证和记录。这些证据在未来可能出现的争议中将成为证明已归还部分不计入额度的重要依据。
及时咨询专业律师：
- 如果对最高额保证合同的条款或债务额度的计算方式存在疑问，或者在实际操作中遇到了问题，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结来说，在最高额保证合同中，已归还的部分通常不计入未归还的债务额度内。但具体是否计入还需根据合同条款来确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。