在离婚协议中约定保守商业秘密并不违法，但需满足一定条件。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、法律背景与原则
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权按照自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，在离婚协议中，双方可以就保守商业秘密等事项进行自由约定，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是有效的。
商业秘密保护：商业秘密是企业的重要资产，受到法律的保护。如果离婚协议中涉及的商业秘密属于一方或双方共同所有，且该秘密的泄露可能对一方或双方的利益造成损害，那么在离婚协议中约定保守商业秘密是合理且必要的。
二、离婚协议中保守商业秘密的合法性条件
双方自愿：保守商业秘密的约定必须是双方自愿达成的，不能存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订离婚协议时受到不正当影响，导致对商业秘密保护条款的理解或接受存在偏差，该条款可能因缺乏自愿性而被认定为无效。
内容合法：约定保守商业秘密的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，不能约定一方在离婚后不得从事与商业秘密相关的行业或工作，这样的约定可能限制了一方的就业权利，违反了劳动法的相关规定。
不损害公共利益：保守商业秘密的约定不得损害公共利益。如果商业秘密的泄露可能对社会公共利益造成损害，如涉及国家安全、公共健康等，那么该约定可能因违反公序良俗而被认定为无效。
三、可能存在的法律风险与防范
约定不明确的风险：如果离婚协议中关于保守商业秘密的约定不明确，如未明确商业秘密的范围、保密期限、保密义务等，可能导致双方在履行过程中产生争议。因此，在签订离婚协议时，应尽可能明确、具体地约定保守商业秘密的相关事项。
违约责任不明确的风险：如果离婚协议中未约定违反保守商业秘密约定的违约责任，当一方泄露商业秘密时，另一方可能难以通过法律途径维护自己的权益。因此，在签订离婚协议时，应明确约定违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
四、建议与操作
明确约定：在离婚协议中，应明确、具体地约定保守商业秘密的相关事项，包括商业秘密的范围、保密期限、保密义务、违约责任等。
寻求专业帮助：由于商业秘密的保护涉及复杂的法律问题，建议在签订离婚协议前咨询专业律师，以确保约定的合法性和有效性。
保留证据：在履行离婚协议过程中，双方应保留好与保守商业秘密相关的证据，如保密协议、保密措施记录等，以备不时之需。
如果你在离婚协议中涉及保守商业秘密的约定，或者对此有任何疑问，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。