公司不配合员工做工伤认定时，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 自行申请工伤认定：

   • 根据《工伤保险条例》第十七条的规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
   • 若用人单位未在规定时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。同时，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
   • 因此，即使公司不配合，员工或其近亲属、工会组织也有权在一年内自行向社会保险行政部门提出工伤认定申请。

2. 收集并保存相关证据：

   • 在申请工伤认定时，需要提供一系列证据来证明工伤事实，如医疗诊断证明、事故现场照片、证人证言等。
   • 员工应尽可能收集并保存这些证据，以便在申请工伤认定时能够充分证明自己的工伤事实。

3. 寻求法律援助或咨询专业律师：

   • 如果员工在申请工伤认定过程中遇到困难或疑问，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
   • 作为专业律师，我可以为你提供详细的法律指导和帮助，包括如何准备申请材料、如何与社会保险行政部门沟通等。

4. 考虑劳动仲裁或诉讼：

   • 如果公司不仅不配合工伤认定，还拒绝支付工伤待遇等费用，员工可以考虑通过劳动仲裁或诉讼来维护自己的权益。
   • 在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的工伤事实以及公司应承担的责任。如果仲裁或诉讼结果对员工有利，公司将被要求支付相应的工伤待遇等费用。

可能面临的法律后果与注意事项：

• 对于公司而言，如果不配合员工做工伤认定，可能会面临社会保险行政部门的处罚，包括罚款等。同时，如果员工通过法律途径维护自己的权益并获得胜诉，公司还需要承担支付工伤待遇等费用的责任。
• 对于员工而言，在自行申请工伤认定时，应注意申请时限和证据收集的重要性。如果错过申请时限或无法提供充分证据，可能会导致工伤认定申请被驳回或无法获得应有的工伤待遇。

行动建议：

• 立即行动：不要因为公司不配合而拖延申请工伤认定的时间，以免错过申请时限。
• 详细记录：尽可能详细地记录工伤事故的发生经过、治疗情况等信息，并保存好相关证据。
• 积极沟通：在申请工伤认定过程中，积极与社会保险行政部门沟通，了解申请进度和需要补充的材料等信息。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供详细的法律指导和建议。