结论：公司已注销三年后，股东间纠纷在特定条件下仍可起诉，但需根据纠纷类型和具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、公司注销后的法律地位
公司注销意味着其法人资格的终止，即公司作为法律主体的消失。然而，这并不意味着与公司相关的所有法律关系和纠纷都随之消灭。特别是股东之间的纠纷，往往涉及公司注销前的权利义务关系，这些关系可能因公司注销而变得更加复杂。
二、股东间纠纷的起诉条件
纠纷性质：
- 如果股东间的纠纷是基于公司注销前的合同、协议或公司章程等产生的，且这些合同、协议或章程在公司注销后仍然具有法律效力（如未履行完毕的合同、未分配的利润等），则股东仍有权就这些纠纷提起诉讼。
- 如果纠纷是基于公司注销后新产生的事实或法律关系，如股东之间的侵权行为、不当得利等，同样可以提起诉讼。
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。但这一规定并非绝对，对于某些特定类型的纠纷（如因欺诈、胁迫等情形订立的合同），诉讼时效的起算点可能有所不同。
- 在公司注销的情况下，如果股东间的纠纷涉及公司注销前的权利义务关系，且该关系在公司注销后仍然存在争议，那么诉讼时效的起算点可能从公司注销后股东知道或应当知道其权利受到侵害之日起计算。但具体还需根据纠纷的具体情况和相关法律规定来判断。
被告主体：
- 在公司注销后，如果股东间的纠纷需要起诉，被告主体可能变为公司的清算义务人（如股东、董事等）或其他相关责任人。这取决于纠纷的具体性质和法律规定。
三、实际操作中的建议
收集证据：
- 股东在提起诉讼前，应尽可能收集与公司注销前后的相关证据，如合同、协议、公司章程、清算报告、股东会决议等，以证明其主张的事实和法律依据。
咨询专业律师：
- 由于公司注销后的股东间纠纷可能涉及复杂的法律关系和法律规定，建议股东在提起诉讼前咨询专业律师，以获取更准确的法律意见和诉讼策略。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。
考虑和解或调解：
- 在提起诉讼前，股东也可以考虑通过和解或调解的方式解决纠纷，以节省时间和成本，并维护股东之间的良好关系。
四、特殊情况下的处理
- 如果公司注销时存在未了结的债务或纠纷，且这些债务或纠纷与股东间的纠纷有关联，那么股东在提起诉讼时可能需要考虑这些因素对案件的影响。
- 如果公司注销后，股东之间就公司注销前的某些事项存在争议，且这些争议无法通过协商解决，那么股东可以通过法律途径来维护自己的权益。
最后，公司已注销三年后股东间纠纷能否起诉，取决于纠纷的性质、诉讼时效以及被告主体等多个因素。如果你面临此类纠纷，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。