对方公司注销了，有纠纷仍然可以起诉，但需根据具体情况判断起诉对象和方式。以下从不同角度为你详细分析：

一、公司未经依法清算即办理注销登记的情况

1. 法律责任承担主体：若公司未经依法清算就办理了注销登记，导致公司无法进行清算，债权人可以主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
2. 举例说明：比如A公司与B公司签订了一份买卖合同，B公司欠A公司货款未还。之后B公司在未依法清算的情况下就办理了注销登记，那么A公司就可以起诉B公司的股东、董事等，要求他们对这笔债务承担清偿责任。
3. 法律建议：在这种情况下，你需要收集相关证据，证明公司未经依法清算就注销，以及你与公司之间存在债权债务关系。证据可以包括合同、欠款凭证、公司注销登记的相关文件等。

二、公司依法清算并注销，但存在未了结诉讼的情况

1. 诉讼参与主体：若公司是依法清算并注销的，但在注销前存在未了结的诉讼，应以清算组为当事人参与诉讼。
2. 举例说明：C公司与D公司发生了一起合同纠纷，案件正在审理过程中，D公司依法进行了清算并注销。此时，该诉讼应以D公司的清算组为当事人继续进行。
3. 法律建议：你需要关注公司清算的相关信息，及时与清算组沟通，确保诉讼能够顺利进行。如果清算组不履行职责，你可以向法院申请更换清算组成员或者采取其他法律措施。

三、公司注销后发现其在注销前存在应当承担责任的情形

1. 法律责任承担主体：公司注销后，如果发现其在注销前存在应当承担责任的情形，如恶意处置公司财产给债权人造成损失等，债权人有权要求相关责任人承担相应责任。
2. 举例说明：E公司在注销前，股东为了逃避债务，将公司的财产低价转让给他人，导致债权人F公司的债权无法实现。F公司在公司注销后发现了这一情况，就可以起诉相关股东，要求他们承担赔偿责任。
3. 法律建议：你需要充分收集证据，证明公司存在恶意处置财产等行为，以及这些行为给你造成了损失。证据可以包括财产转让合同、公司财务账目、相关证人证言等。

四、公司经合法清算程序注销，且无特殊情形的情况

1. 法律后果：如果公司是经过合法清算程序而注销的，那么一般情况下就不能再起诉该公司了，因为公司的民事主体资格已经消灭。
2. 举例说明：G公司与H公司签订了一份合作协议，合作期限届满后，双方进行了清算，H公司按照清算结果支付了相关款项，并依法办理了注销登记。之后G公司不能再以该合作协议为由起诉H公司。
3. 法律建议：在这种情况下，你需要考虑是否有其他途径可以维护自己的权益，比如查看合同中是否有违约责任条款，要求对方公司的股东或者相关责任人承担违约责任等。

总之，当对方公司注销了有纠纷时，你需要先判断公司注销的具体情形，再依据相关法律规定，通过追究股东责任、清算组责任等方式，最大程度保障自身权益。如果你在处理这类纠纷时遇到任何问题，可以直接向我咨询。