公司进入破产程序后，正在进行的诉讼原则上由管理人代表公司继续参与，但需根据诉讼性质、阶段及破产程序的具体情况综合判断处理方式。以下是具体分析：

1. 诉讼主体的变更：管理人接管诉讼

根据《企业破产法》第20条，人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。

• 管理人角色：破产程序启动后，原公司法定代表人、董事等管理层的职权被暂停，由法院指定的管理人（通常为律师事务所、会计师事务所等）代表公司参与诉讼。
  
• 操作流程：管理人需向法院提交接管证明、授权委托书等材料，以公司名义继续诉讼，诉讼结果直接归属于破产财产。

2. 诉讼类型的区分处理

根据诉讼性质不同，处理方式可能存在差异：

• 债务人作为原告的诉讼：
  若公司作为原告主张债权（如追讨货款、合同款等），管理人需评估诉讼成本与收益。若债权金额较小或胜诉概率低，可能选择撤诉或和解；若债权对破产财产分配有重大影响，则继续推进诉讼。
  
• 债务人作为被告的诉讼：
  若公司作为被告被起诉（如侵权赔偿、合同违约等），管理人需积极应诉，防止因败诉导致破产财产减少。若诉讼涉及共益债务（如继续经营产生的债务），可能需优先清偿。
  
• 涉及破产财产的特殊诉讼：
  如撤销权诉讼（追回债务人无偿转让财产的行为）、个别清偿无效诉讼等，管理人必须主动提起或参与，以维护债权人利益。

3. 诉讼阶段的衔接问题

• 一审未终结的诉讼：管理人接管后继续审理，原诉讼代理合同若未终止，可由管理人决定是否续签；若需更换代理人，需重新办理授权手续。
  
• 二审或再审中的诉讼：同理，管理人代表公司参与，但需注意上诉期、举证期限等程序性事项，避免因逾期导致权利丧失。
  
• 执行程序中的诉讼：若公司已进入破产程序，针对公司的执行程序应当中止（《企业破产法》第19条），债权人需向管理人申报债权，通过破产程序统一清偿。

4. 实务建议

• 及时与管理人沟通：若您是公司股东、债权人或相关方，可向管理人了解诉讼进展，要求提供诉讼策略说明。
  
• 关注债权人会议：管理人需定期向债权人会议报告诉讼情况，您可通过会议提出异议或建议。
  
• 保留证据材料：无论作为原告还是被告，均需妥善保管合同、付款凭证、沟通记录等证据，以便管理人高效推进诉讼。

总结：公司破产申请后，正在进行的诉讼由管理人接管并继续参与，但具体处理需结合诉讼类型、阶段及破产财产状况综合判断。若您涉及具体案件，可进一步提供细节，我将为您分析诉讼策略及风险点。