结论：自来水违约金万分之五是否合规，需结合具体合同条款、相关法律法规及地方性规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同自由原则与违约金约定

根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，若合同中明确约定了自来水违约金为万分之五，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，则该约定原则上有效。

2. 违约金过高的调整规则

尽管合同自由原则允许当事人约定违约金，但《民法典》第五百八十五条第二款也规定了违约金过高的调整规则：“约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
判断标准：

• 若违约金超过实际损失的30%，一般可认定为“过分高于造成的损失”。
  
• 实际损失需由主张调整的一方（通常是违约方）举证证明。
  

示例：
若因自来水供应中断导致用户实际损失为1000元，而合同约定违约金为每日万分之五（即每日5元），若中断持续20天，违约金总额为100元，未超过实际损失的30%（300元），则无需调整；若中断持续200天，违约金总额为1000元，等于实际损失，但若用户能证明实际损失更高（如因停水导致生产停滞的间接损失），则可能需进一步调整。

3. 地方性规定与行业惯例

部分地方性法规或行业规范可能对自来水违约金的计算方式或上限作出具体规定。例如：

• 某些地区可能规定自来水违约金不得超过日供水费用的某一比例（如1%）。
  
• 行业惯例中，万分之五的违约金比例是否常见，也可作为参考因素。
  

建议：

• 查阅当地《供水条例》或相关规范性文件，确认是否存在强制性规定。
  
• 若地方性规定与合同约定冲突，通常以地方性规定为准（但需注意地方性规定的效力层级）。

4. 合同条款的公平性审查

根据《民法典》第四百九十六条，格式条款（如自来水公司提供的标准合同）中若存在“免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利”的条款，可能被认定为无效。
分析要点：

• 万分之五的违约金是否显著高于自来水公司的违约成本（如供水设施维修费用）。
  
• 用户是否在签订合同时有充分机会协商违约金条款。
  

若存在不公平情形：

• 用户可主张撤销该条款，或请求法院/仲裁机构调整违约金。

5. 实务建议

1. 审查合同：确认违约金条款是否为双方协商一致的结果，或属于格式条款。
   
2. 计算实际损失：若认为违约金过高，需收集证据证明实际损失低于约定金额。
   
3. 协商或诉讼：
   
   • 优先与自来水公司协商调整违约金；
     
   • 若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁，请求调整违约金。
     

总结：自来水违约金万分之五的合规性需结合合同约定、实际损失、地方性规定及公平性综合判断。若您面临具体纠纷，建议提供合同文本及损失证据，以便进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。