结论：在女方孩子才三个月的情况下，男方起诉离婚，法院一般不会判决离婚，但存在特殊情形时可能会判决离婚。

一般情况下法院不会判决离婚

根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十二条规定，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。

在女方孩子才三个月时，处于分娩后一年内这个特殊期间，法律出于对女方身心健康的保护以及对婴儿成长环境的考虑，对男方提出离婚进行了限制。此时男方起诉离婚，如果没有特殊情况，法院通常会驳回男方的诉讼请求，不会判决离婚。这是从维护家庭稳定、保障妇女儿童权益的角度出发，给予女方在产后这一特殊时期足够的恢复和适应时间。

特殊情形下法院可能判决离婚

虽然有上述法律限制，但如果存在“人民法院认为确有必要受理男方离婚请求”的特殊情形，法院也可能会受理并判决离婚。以下是一些可能被认定为“确有必要”的情形：

1. 女方存在重大过错：例如女方在婚姻关系存续期间与他人通奸、重婚，或者对男方实施家庭暴力、虐待、遗弃家庭成员等严重伤害夫妻感情和家庭关系的行为。在这种情况下，男方的离婚请求可能会得到法院的支持，因为女方的过错行为已经严重破坏了夫妻关系，继续维持婚姻对男方不公平。
2. 女方恶意遗弃婴儿或拒绝抚养：如果女方在孩子出生后恶意遗弃婴儿，不履行作为母亲的基本抚养义务，或者明确表示拒绝抚养孩子，这种行为不仅违背了公序良俗，也对孩子的健康成长造成了严重威胁。此时，法院可能会考虑男方的离婚请求，以保障孩子的合法权益。
3. 男方生命受到女方严重威胁：虽然这种情况较为罕见，但如果女方有严重的暴力倾向或其他行为，导致男方的生命安全受到直接威胁，且这种威胁是现实且紧迫的，法院为了保护男方的人身安全，也可能会受理男方的离婚请求。

后续建议

如果男方确实认为存在上述特殊情形，需要在起诉时提供充分的证据来支持自己的主张。证据可以包括证人证言、照片、视频、医疗记录等，以证明女方存在重大过错或其他确有必要受理离婚请求的情形。同时，无论最终法院是否判决离婚，双方都应该关注孩子的抚养问题，确保孩子能够在一个健康、稳定的环境中成长。如果对判决结果不满意，还可以在法定期限内提起上诉。

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