在孩子仅三个月大时，如果夫妻面临离婚的情况，关于孩子的抚养权判决，法院会依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，并结合实际情况进行综合考量，以确保孩子的最佳利益得到最大程度的保障。

一、抚养权判决的基本原则

根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条，对于不满两周岁的子女，原则上由母亲直接抚养。这一规定主要基于孩子对母亲的依赖以及母亲在照顾孩子方面的天然优势，特别是对于三个月大的宝宝，尚处于哺乳期，对母亲的依赖程度极高。

二、特殊情况下的抚养权归属

尽管以母亲抚养为原则，但在某些特殊情况下，法院可能会考虑将抚养权判给父亲或其他合适的监护人。这些特殊情况包括但不限于：

1. 母亲患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，如艾滋病、严重的精神疾病等，导致子女不宜与其共同生活。
2. 母亲有抚养条件却不尽抚养义务，如对孩子不管不顾，不履行照顾孩子的责任，而父亲愿意并且有能力抚养孩子。
3. 其他原因导致子女无法随母方生活，如母亲的工作性质需要长期出差，无法亲自照顾孩子，或者母亲的生活环境对孩子不利等。

三、抚养权判决的综合考量因素

在判定抚养权归属时，法院会综合考虑以下因素，以确保判决的公正性和合理性：

1. 父母的抚养能力和抚养条件，包括双方的经济收入、居住条件、教育背景等，以评估哪一方更能为孩子提供稳定、良好的生活环境。
2. 孩子的年龄和健康状况，以及成长需求和健康状况，以确定哪一方更能满足孩子的特殊需求。
3. 双方的品行和习惯，确保抚养人具有良好的品德和行为习惯，能够为孩子树立良好的榜样。

四、抚养费支付与财产分割

除了抚养权判决外，法院还会就抚养费支付和财产分割等问题进行裁决。不直接抚养子女的一方需负担部分或全部抚养费，费用多少和期限长短由双方协议，协议不成由法院判决。同时，夫妻共同财产由双方协议处理，协议不成由法院根据财产具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。

五、建议与总结

在孩子仅三个月大的离婚案件中，法院的判决将高度关注孩子的最佳利益，并综合考虑多方面因素。因此，无法简单给出具体的判决结果，每个案件都是独特的。如果面临这样的情况，我建议您咨询专业的律师，以便根据具体情况获得更具体的法律建议和帮助。同时，无论抚养权归谁，父母都应承担起对孩子的关爱和责任，确保其健康快乐地成长。