公司替自然人股东垫资是否违法，需分情况讨论：

1. 若垫资行为符合公司章程及法律法规，且未损害公司或其他股东利益：

   • 在这种情况下，公司替自然人股东垫资通常不构成违法。例如，股东因临时资金周转困难，与公司协商并获得同意后，由公司暂时垫付其应缴纳的出资额。这种行为若在公司章程中有明确规定，或者经过股东会或董事会的决议通过，且垫资行为未对公司财务状况造成负面影响，也未损害其他股东的利益，那么这种垫资行为是合法的。

2. 若垫资行为违反公司章程、法律法规，或损害公司及其他股东利益：

   • 违反公司章程：如果公司章程明确规定禁止公司为股东垫资，或者对垫资行为有严格的限制条件，而公司未经合法程序擅自为股东垫资，那么这种行为就违反了公司章程，可能构成违法。
   • 损害公司利益：如果垫资行为导致公司财务状况恶化，或者影响了公司的正常运营，那么这种行为就损害了公司的利益，可能构成违法。例如，公司为了替股东垫资而大量举债，导致公司负债累累，无法按时偿还债务，这就严重损害了公司的利益。
   • 损害其他股东利益：如果垫资行为使得某些股东在未经公平竞争的情况下获得了额外的利益，或者导致其他股东的利益受损，那么这种行为也可能构成违法。例如，公司只为部分股东垫资，而其他股东则没有这种待遇，这就可能构成对其他股东利益的损害。

法律背景与建议：

• 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司应当遵守法律、行政法规和公司章程的规定，不得损害公司、股东、债权人等利益相关者的合法权益。如果公司替自然人股东垫资的行为违反了这些规定，就可能面临法律责任。
• 建议：
  • 完善公司章程：公司应在章程中明确规定垫资行为的条件和程序，以避免潜在的法律风险。
  • 遵循合法程序：如果公司确实需要为股东垫资，应经过股东会或董事会的决议通过，并确保垫资行为符合公司章程和法律法规的规定。
  • 保护公司利益：公司在垫资前应充分评估垫资行为对公司财务状况和正常运营的影响，确保垫资行为不会损害公司的利益。
  • 公平对待股东：公司在垫资时应公平对待所有股东，避免因为垫资行为而导致股东之间的利益失衡。

可能后果：

• 如果公司替自然人股东垫资的行为被认定为违法，公司可能面临行政处罚、民事赔偿等法律责任。同时，这种行为也可能影响公司的声誉和信誉，对公司的长期发展造成不利影响。

总之，公司替自然人股东垫资是否违法需根据具体情况来判断。如果你在这方面有进一步的疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。