公司购买土地后自行建造，主要涉及土地使用权、建设规划、施工许可、环保要求、税务处理及产权登记等多个法律环节，需依法合规操作。具体处理步骤及注意事项如下：

1. 确认土地使用权性质与用途
   首先需明确土地是通过出让、划拨还是转让方式取得，并核实土地用途（如工业、商业、住宅等）是否与规划一致。若土地用途与建造目的不符，需提前申请变更用途并补缴土地出让金差价，否则可能面临行政处罚或建筑物被拆除的风险。

2. 办理建设规划许可
   根据《城乡规划法》，公司需向当地规划部门申请《建设用地规划许可证》和《建设工程规划许可证》，确保建造项目符合城市总体规划、控制性详细规划及专项规划要求。未取得规划许可擅自施工的，可能被责令停工、罚款甚至强制拆除。

3. 申请施工许可并选择合规施工单位
   依据《建筑法》，公司需向建设主管部门申请《建筑工程施工许可证》，并委托具备相应资质的施工单位进行施工。若将工程发包给无资质单位或个人，可能面临行政处罚，且工程质量问题需由公司承担连带责任。

4. 履行环保与安全义务
   建造过程中需遵守《环境保护法》《安全生产法》等规定，办理环境影响评价审批（如需）、采取污染防治措施，并确保施工现场安全。若未履行环保或安全义务，可能被责令整改、罚款甚至追究刑事责任。

5. 税务处理与成本合规
   建造过程中涉及的增值税、企业所得税、土地增值税等需依法申报缴纳。例如，土地出让金、建造成本等可作为企业所得税税前扣除项目，但需保留完整凭证（如发票、合同等）。若税务处理不合规，可能面临补税、滞纳金及罚款风险。

6. 办理产权登记
   建造完成后，公司需向不动产登记机构申请办理房屋所有权登记，提交土地使用权证、规划许可证、施工许可证、竣工验收备案表等材料。未办理产权登记的，建筑物可能无法合法转让、抵押或出租。

风险提示：若公司未依法履行上述程序，可能面临行政处罚（如罚款、责令拆除）、民事纠纷（如与施工单位、相邻权人产生争议）甚至刑事责任（如重大安全事故）。建议公司在建造前委托专业律师对土地性质、规划条件、施工合同等进行全面审查，并全程参与建造过程，确保合法合规。

如有具体问题（如土地用途变更、施工合同纠纷等），可直接向我咨询，我将结合实际情况提供详细解答。