针对未办理施工许可的工程已完工并投入使用的情况，可依法通过以下途径责令停止使用：

1. 依据《建筑法》第六十四条启动行政处罚程序
   根据《中华人民共和国建筑法》第六十四条，未取得施工许可证擅自施工的，由县级以上人民政府建设行政主管部门责令改正；对不符合开工条件的，应责令停止施工，并可处以罚款。

   • 操作路径：建设行政主管部门（如住建局）在发现或接到举报后，应立案调查，确认工程未取得施工许可证且已投入使用的事实。
     
   • 责令停止使用的依据：若工程存在安全隐患或违反规划、消防等强制性标准，主管部门可依据《建筑法》及配套法规（如《建设工程质量管理条例》）直接责令停止使用，并要求限期补办手续或拆除。

2. 结合《消防法》对投入使用环节的监管
   若工程未通过消防验收即投入使用，可依据《中华人民共和国消防法》第五十八条，由住房和城乡建设主管部门、消防救援机构按照各自职权责令停止施工、停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款。

   • 关键点：需证明工程未履行消防验收程序（如未提交消防设计审查、未申报消防验收备案），且投入使用行为直接违反消防安全要求。

3. 通过规划验收环节追溯违法状态
   若工程未取得建设工程规划许可证或违反规划条件建设，可依据《城乡规划法》第六十四条，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；对已建成且难以拆除的违法建筑，可没收实物或违法收入，并处罚款。

   • 适用场景：工程虽已完工，但规划部门在后续监管中发现其未取得规划许可或存在超规划建设情形，可联动要求停止使用。

4. 行政强制措施的配套适用
   在责令停止使用的同时，主管部门可采取以下强制措施：

   • 查封施工现场：对未停工的工程，可依法查封施工设备、材料；
     
   • 断水断电：联合供电、供水部门停止对违法工程的基本服务供应；
     
   • 公告警示：在工程现场或媒体发布停止使用公告，警示公众风险。

实务建议：

• 证据固定：责令停止使用前需充分取证，包括现场勘验记录、施工许可查询结果、投入使用证明（如租赁合同、营业记录）等；
  
• 程序合规：严格遵循《行政处罚法》规定的立案、调查、告知、听证、决定等程序，避免程序违法导致行政行为被撤销；
  
• 风险防范：若工程涉及公共利益（如学校、医院），需评估强制停止使用可能引发的社会影响，必要时可采取分阶段整改措施。

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