主动退赔的款项在一定条件下可以上缴国库。具体分析如下：

1. 刑事案件中的退赔与上缴国库
   在刑事案件中，若犯罪嫌疑人或被告人主动退赔违法所得（如赃款、赃物等），根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，违法所得应当予以追缴或责令退赔。若退赔的款项属于国家财产（如贪污、受贿等案件中的赃款），或无法明确归属被害人的（如非法集资案件中部分资金无法返还集资参与人），司法机关会依法将款项上缴国库。
   关键点：退赔需与犯罪行为直接相关，且款项性质符合上缴条件（如国家财产或无明确被害人）。

2. 民事或行政案件中的退赔与上缴国库
   在民事纠纷或行政处罚中，若当事人主动退赔（如合同违约赔偿、行政罚款等），款项通常直接返还给受损方或缴纳至指定账户（如财政专户），一般不直接上缴国库。但若退赔款项涉及非法所得（如商业贿赂中的回扣），且司法机关介入后认定为违法所得，则可能按刑事案件程序处理，最终上缴国库。
   关键点：需区分退赔性质（民事赔偿 vs. 违法所得追缴）。

3. 程序要求
   无论何种情况，主动退赔需通过法定程序完成：

• 刑事案件：需由公安机关、检察院或法院依法认定款项性质，并出具相关法律文书（如《扣押决定书》《没收裁定书》），最终由财政部门接收上缴国库。
  
• 民事/行政案件：需按合同约定或行政处罚决定履行退赔义务，通常不涉及国库上缴，除非后续被认定为违法所得。

建议：若您涉及具体案件中的退赔问题，需明确款项性质（如是否为违法所得）、案件类型（刑事/民事/行政）及司法机关的认定意见。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合案情为您详细分析。