要查询对方公司的合同专用章是否已经备案，可以根据不同地区的具体情况，通过以下几种途径进行查询：
一、通过线上平台查询
广东省地区：
- 可以关注“广东治安户政”微信公众号，点击“民生警务”，再选择“印章备案查询”。在查询页面中，输入对方公司的名称或统一社会信用代码，即可查询到该公司的印章备案信息，包括合同专用章。
- 另外，也可以通过微信搜索“粤居码”微信小程序，点击“单位服务”→“印章备案查询”，同样输入对方公司的法定名称或统一社会信用代码进行查询。
其他地区：
- 不同地区可能有各自的线上查询平台或方式，建议咨询当地公安局或相关政府部门，了解具体的查询方法和流程。
二、通过线下刻章单位查询
如果线上查询不便或无法获取准确信息，可以前往对方公司所在地的有资质的刻章单位进行查询。查询时，需要携带以下材料：
- 营业执照原件及复印件（用于证明查询方的合法身份和查询目的）
- 法人身份证原件及复印件（如果法人亲自办理）
- 申请书（需由查询方自行书写，并由法人签名按指模，盖公章）
- 如果法人不能亲自办理，还需提供经办人身份证原件、复印件，以及委托书和工作单位工作证
在刻章单位，你可以申请查询并打印对方公司的印章备案记录，从而确认合同专用章是否已经备案。
三、注意事项
- 查询权限：在查询对方公司的印章备案信息时，需要确保查询方具有合法的查询权限和目的。一般来说，只有与对方公司有业务往来或法律纠纷等合理事由的单位或个人才能进行查询。
- 信息保护：在查询过程中，要注意保护对方公司的商业秘密和个人隐私信息，不得将查询到的信息用于非法用途。
- 补备案问题：如果对方公司的合同专用章未备案，且需要补备案，应告知对方公司按照正规流程前往刻章店进行备案刻章。所有印章都是先备案再刻章的，不存在私自刻好后再备案的情况。
希望以上解答能够帮助你清晰地了解如何查询对方公司的合同专用章是否已经备案。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。