在申请鉴定工程造价的申请书中，通常不需要扣法人章，但需要加盖公司公章。以下是对这一问题的详细分析：

一、公章与法人章的法律效力

1. 公章：公司公章是公司对外进行正式法律行为、签订合同、出具文件等时使用的印章，具有最高的法律效力。它代表了公司的意志和身份，是公司对外活动的法律凭证。
2. 法人章：法人章，通常指的是公司法定代表人的个人名章，用于代表法定代表人个人签署文件或进行其他法律行为。它并不直接代表公司的意志，而是法定代表人个人行为的象征。

二、工程造价鉴定申请书的性质与要求

工程造价鉴定申请书是公司向鉴定机构提出对工程造价进行鉴定的正式请求文件。它需要明确表达公司的意愿和请求，并附上相关证据材料。由于这份文件是公司对外进行的正式法律行为，因此需要使用具有最高法律效力的印章来确认其真实性和合法性。

三、为何不需要扣法人章

1. 代表性问题：如前所述，法人章代表的是法定代表人个人的意志，而不是公司的意志。在工程造价鉴定申请书中，需要表达的是公司的意愿和请求，而不是法定代表人个人的意愿。
2. 法律效力问题：公司公章具有最高的法律效力，能够确认文件的真实性和合法性。而法人章的法律效力相对较低，无法单独确认文件的真实性和合法性。

四、实际操作建议

1. 使用公司公章：在准备工程造价鉴定申请书时，应确保文件上加盖了公司的公章，以确认其真实性和合法性。
2. 附上相关证据材料：除了申请书本身外，还应附上与工程造价鉴定相关的证据材料，如合同、图纸、变更通知等，以便鉴定机构能够全面了解情况并作出准确鉴定。
3. 遵循鉴定机构的要求：不同鉴定机构可能对申请书的格式和内容有不同的要求。在准备申请书时，应仔细阅读鉴定机构的要求，并按照要求进行准备和提交。

五、可能遇到的特殊情况

虽然一般情况下工程造价鉴定申请书不需要扣法人章，但在某些特殊情况下，如法定代表人需要亲自签署某些文件或进行某些法律行为时，可能会涉及到法人章的使用。然而，这种情况并不常见，且通常会在公司章程或相关法律法规中有明确规定。

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