在三方存在异议的协议情况下，并非必须三方都签字协议才具有法律效力，但三方签字通常是确保协议全面有效且减少后续纠纷的最佳方式。以下从不同角度为你详细分析：

协议生效的基本条件

从法律层面讲，一份协议要生效，通常需要满足几个基本条件：一是当事人具有相应的民事行为能力；二是意思表示真实；三是不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。在三方协议中，如果其中两方已经就协议的主要条款达成一致，并且这两方都具备相应的民事行为能力，意思表示真实，协议内容也不违法，那么这两方签字后的协议，对于这两方之间是具有法律效力的。

举例说明：假设A、B、C三方签订一份合作协议，A和B对协议内容无异议并签字，C因某些原因暂时未签字。但如果A和B之间的合作事项不依赖于C的参与，且协议中也没有特别约定必须三方签字才生效，那么A和B签字后的协议，在A和B之间是有效的。

三方签字的重要性

然而，在三方协议中，三方签字通常具有更重要的意义。因为三方协议往往涉及三方之间的权利义务关系，如果只有两方签字，而第三方未签字，那么第三方可能不受该协议的约束。这可能导致在实际履行过程中，出现第三方不配合、不履行义务等情况，从而引发纠纷。

举例说明：继续上面的例子，如果合作协议中明确约定了C的某些义务，如提供资金、技术等，但C未签字，那么当A和B要求C履行这些义务时，C可能会以未签字为由拒绝履行。这时，A和B虽然可以依据他们之间的协议来主张权利，但可能无法直接要求C承担违约责任。

特殊情况下的协议效力

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果三方协议中明确约定了“本协议自两方签字之日起生效”或者“本协议对签字方具有约束力”等条款，那么即使第三方未签字，该协议对已经签字的两方也是具有法律效力的。但这种情况需要协议中有明确的约定，并且这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定。

法律建议

1. 尽量确保三方都签字：为了避免后续纠纷，建议在签订三方协议时，尽量确保三方都签字确认。这样不仅可以确保协议的全面有效性，还可以减少因第三方未签字而引发的纠纷。
2. 明确协议生效条件：如果确实存在某些特殊情况，导致第三方无法及时签字，可以在协议中明确约定协议的生效条件。比如，可以约定“本协议自两方签字且第三方书面确认之日起生效”或者“本协议对已经签字的两方具有约束力，第三方加入后自动受本协议约束”等条款。
3. 保留相关证据：在签订协议过程中，建议保留好与协议签订相关的所有证据，如邮件、短信、聊天记录等。这些证据可以在后续纠纷中作为证明协议签订过程、当事人意思表示等的依据。

如果你在签订三方协议过程中遇到任何问题，或者对协议的效力有疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议。