结论前置：合同由总公司签订，款项由分公司收取的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的，但需注意潜在的法律风险和财务规范问题。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与可行性
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律层面讲，分公司收款可视为总公司收款的一种表现形式，这种操作在法律上并不被禁止。
合同约定的有效性：
- 如果合同中明确约定了可以由分公司代为收取款项，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害合同相对方的合法权益，则该约定合法有效。例如，合同条款中可以明确指出“本合同项下的款项支付至[分公司名称]的指定账户”。
内部协议或授权委托书的作用：
- 当合同中没有明确约定收款方为分公司时，可以通过内部协议或授权委托书等方式明确收款事宜。这样不仅可以确保整个交易过程的合法性和合规性，还能降低法律风险。
二、存在的风险及应对措施
税务风险：
- 收款方与合同签订方不一致可能引起税务机关的关注，影响发票开具和税务申报。特别是增值税的缴纳，需确保收款主体与开票主体一致，以避免税务抵扣等问题。
- 应对措施：及时与税务机关沟通，确保符合税收法规要求；必要时调整收款方式或合同条款，保持一致性。例如，可以在合同中明确约定由分公司收款并开具发票，或者由总公司统一开具发票后，分公司再行收款。
法律纠纷风险：
- 交易过程中出现纠纷时，收款主体与合同主体不一致可能使法律关系复杂化，增加维权难度。
- 应对措施：在合同中明确约定收款事宜，保留好相关证据和交易记录；出现纠纷时，积极应对，依法维权。例如，可以保留好合同、授权委托书、收款凭证等证据，以便在纠纷发生时能够证明自己的权益。
财务规范问题：
- 总公司和分公司需建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司，避免财务混乱。
- 应对措施：严格执行财务制度，保留好财务凭证和交易记录；定期进行内部审计和财务检查，确保财务规范。例如，可以建立专门的财务账户用于分公司收款，并定期与总公司进行对账和结算。
三、操作建议
充分沟通：
- 在操作前与交易对方进行充分沟通，明确收款事宜和双方权利义务。这有助于避免后续因收款问题产生的纠纷和误解。
签订补充协议或授权委托书：
- 如合同未明确约定收款方为分公司，建议签订补充协议或授权委托书，明确分公司收款的相关事宜。这可以为后续的交易提供明确的法律依据和保障。
注意合同条款的严谨性：
- 在签订合同时，应确保合同条款的严谨性和明确性，避免出现模糊不清或容易产生歧义的条款。特别是关于收款事宜的条款，应明确约定收款方、收款账户、收款时间等关键信息。
综上所述，合同由总公司签订，款项由分公司收取的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的，但需谨慎处理潜在的法律风险和财务规范问题。通过充分沟通、签订补充协议或授权委托书、注意合同条款的严谨性等措施，可以有效降低风险，确保交易的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。