结论：员工背着老板让合作公司写欠条的行为，可能涉及多个法律问题，包括但不限于无权代理、表见代理、欺诈等，具体法律后果需根据欠条内容、员工行为性质及公司授权情况等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、员工行为性质分析
无权代理：
- 若员工未经公司授权，擅自以公司名义让合作公司写欠条，该行为可能构成无权代理。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无权代理行为未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力，由行为人承担责任。
- 法律后果：若公司未追认该欠条，则公司无需承担还款责任，欠条的法律后果由员工个人承担。
表见代理：
- 若员工虽无明确授权，但合作公司有理由相信员工有权代表公司签订欠条（如员工持有公司公章、合同章或具有其他足以使合作公司相信其有代理权的情形），则可能构成表见代理。
- 法律后果：在表见代理的情况下，公司需承担欠条的法律后果，即需履行还款义务。但公司承担责任后，有权向员工追偿。
欺诈行为：
- 若员工以非法占有为目的，通过虚构事实或隐瞒真相的方式，诱使合作公司签订欠条，则可能构成欺诈。
- 法律后果：欺诈行为可能导致欠条无效，且员工可能面临刑事责任。公司若因此遭受损失，有权向员工追偿。
二、公司应对策略
核实欠条真实性：
- 公司应首先核实欠条的真实性，包括欠条内容、签订时间、地点、参与人员等，以确定欠条是否为公司真实意思表示。
调查员工行为：
- 公司应调查员工让合作公司写欠条的具体原因、过程及是否存在其他违法行为，以便采取相应措施。
采取法律措施：
- 若欠条无效或员工行为构成欺诈，公司应及时向公安机关报案，并考虑通过民事诉讼途径追究员工的法律责任。
- 若欠条有效且公司需承担还款责任，公司应积极与合作公司协商还款事宜，并考虑向员工追偿。
三、预防措施
完善公司管理制度：
- 公司应建立健全内部管理制度，明确员工权限范围，防止员工擅自以公司名义对外签订合同或欠条。
加强员工培训：
- 公司应加强对员工的法律培训，提高员工的法律意识，使员工了解擅自以公司名义对外签订合同或欠条的法律后果。
建立监督机制：
- 公司应建立有效的监督机制，对员工的业务活动进行监督，及时发现并纠正员工的违法行为。
进一步思考：在处理此类问题时，公司还需考虑与合作公司的关系维护、商业信誉保护等因素。若欠条问题处理不当，可能对公司与合作公司的合作关系产生负面影响。因此，公司在采取法律措施的同时，应积极与合作公司沟通协商，寻求妥善解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。