在合作协议仲裁阶段，协议是否继续履行需分情况讨论，具体如下：

1. 若仲裁请求中未包含解除合作协议，且无其他法定或约定解除情形：

   • 协议继续履行：根据《中华人民共和国仲裁法》及相关法律规定，仲裁程序本身并不直接导致合作协议的终止或暂停履行。除非双方另有约定或法律另有规定，否则在仲裁期间，合作协议应继续履行，双方应按照协议约定履行各自的义务。
   • 例外情形：如果合作协议中明确约定了仲裁期间协议暂停履行的条款，或者存在法律规定的特定情形（如不可抗力导致协议无法履行），则协议可能暂停履行。但这种情况较为特殊，需要具体分析协议条款和法律规定。

2. 若仲裁请求中包含解除合作协议，或仲裁裁决最终解除合作协议：

   • 协议不再履行：一旦仲裁请求被受理，且仲裁庭认为解除合作协议是合理的，或者仲裁裁决最终解除了合作协议，那么协议自裁决生效之日起即不再履行。此时，双方应按照裁决结果处理后续事宜，如结算、赔偿等。
   • 过渡期处理：在仲裁裁决生效前，如果双方对协议是否继续履行存在争议，且该争议可能影响协议的实际履行，双方可以协商确定过渡期的处理方式，如暂时停止履行部分或全部义务，以避免不必要的损失。

3. 关于仲裁期间履行协议的注意事项：

   • 诚信原则：双方在仲裁期间应遵循诚信原则，不得故意损害对方的利益。如果一方在仲裁期间违反协议约定或法律规定，给对方造成损失的，应承担相应的赔偿责任。
   • 证据保留：双方在仲裁期间应妥善保留与协议履行相关的证据，如交易记录、沟通记录等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
   • 积极配合仲裁：双方应积极配合仲裁庭的工作，按时提交证据、参加庭审等，以确保仲裁程序的顺利进行。

法律建议：

• 在仲裁阶段，如果双方对协议是否继续履行存在争议，建议首先查阅合作协议中的相关条款，了解是否有关于仲裁期间协议履行的特别约定。
• 如果没有特别约定，且双方无法协商一致，可以咨询专业律师（即我，安笑石律师，专注于合同纠纷领域），根据具体情况分析协议是否应继续履行，并制定相应的策略。
• 在仲裁过程中，双方应保持冷静和理性，避免采取过激行为导致损失扩大。同时，应积极配合仲裁庭的工作，以维护自己的合法权益。

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