实际出资额的认定需结合具体情形判断，未变更登记可能影响出资效力及实际出资额的认定，但并非绝对否定出资行为，需根据合同约定、实际履行情况及法律规定综合确定。具体分析如下：

1. 合同约定优先原则
   若股东协议或公司章程明确约定“土地使用权出资以交付土地为生效条件”，且双方已实际履行交付义务（如移交土地权属证书、实际控制土地等），则实际出资额可按约定价值认定。但需注意：

   • 约定价值需有合理依据（如评估报告、市场价参考），否则可能被认定为“未全面履行出资义务”；
     
   • 若合同明确要求“变更登记为出资生效要件”，则未登记可能直接导致出资未完成，实际出资额为零。

2. 实际履行与权利瑕疵的区分
   即使未变更登记，若出资人已实际交付土地且公司实际使用，可视为部分履行出资义务：

   • 实际使用证据：如公司已在土地上建设、经营，或出具接收土地的书面文件，可证明出资人已履行主要义务；
     
   • 权利瑕疵责任：未登记可能导致土地被原权利人追索或无法对抗第三人，此时出资人需承担违约责任（如补足出资、赔偿损失），但不影响已交付土地对应的出资额认定。

3. 法律对出资形式的强制性规定
   根据《公司法》第28条，股东以非货币财产出资的，应当依法办理财产权转移手续。土地使用权作为不动产，未变更登记可能面临：

   • 行政风险：国土部门可能认定出资行为违法，要求纠正或处罚；
     
   • 民事效力：法院可能依据《民法典》第215条，认定“未登记不发生物权变动效力”，从而否定出资人股东资格或要求其以其他方式补足出资。

4. 实务中的折中处理方案
   若双方对出资额产生争议，法院或仲裁机构可能综合以下因素裁决：

   • 土地交付时的市场价值（需评估）；
     公司实际使用土地的期限及收益情况；
     出资人未办理登记的主观过错（如是否故意拖延、是否存在客观障碍）；
     其他股东是否知情或同意未登记出资。

建议行动：

1. 立即核查股东协议或公司章程中关于土地使用权出资的生效条件条款；
   
2. 收集土地交付、公司实际使用的证据（如交接单、建设合同、纳税记录等）；
   
3. 尽快协商补办登记手续，或通过书面协议明确未登记状态下的权利义务；
   
4. 若争议无法解决，可委托律师向法院申请司法评估，以确定土地实际价值及出资额。
   

如有进一步细节（如土地性质、合同具体条款等），可随时补充说明，我会为您细化分析。