结论：农村宅基地院子签过协议但分配不明晰，该协议是否算数需视具体情况而定，包括协议内容、签订过程、双方意图以及相关法律法规的适用等。
分析说明：
协议内容与签订过程：
- 内容明确性：如果协议中虽然对院子的整体分配有提及，但具体细节（如面积、位置、使用权限等）未明确，这可能导致协议在执行时产生争议。然而，只要协议是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，它仍然具有一定的法律效力。
- 签订过程合法性：协议的签订过程也至关重要。如果协议是在双方平等、自愿的基础上签订的，且没有欺诈、胁迫等情形，那么该协议通常是有效的。反之，如果签订过程存在违法或不当行为，协议可能被视为无效或可撤销。
双方意图与法律解释：
- 双方真实意图：在协议分配不明晰的情况下，法院或仲裁机构可能会考虑双方签订协议时的真实意图。如果能够通过其他证据（如聊天记录、证人证言等）证明双方对院子的分配有共同的理解或预期，那么这可能有助于确定协议的具体内容。
- 法律解释原则：当协议内容存在歧义或不明确时，法院或仲裁机构可能会运用法律解释原则（如文义解释、目的解释、整体解释等）来阐释协议的真实含义。
相关法律法规的适用：
- 宅基地使用权：根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，宅基地使用权是农村村民的一项重要权利。在分配宅基地院子时，应确保不违反关于宅基地使用权的相关规定。
- 合同效力：如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者损害社会公共利益，那么该协议可能被视为无效。此外，如果协议存在可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），受损害方也有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。
法律建议：
- 完善协议内容：如果协议分配不明晰，建议双方尽快协商并补充完善协议内容，明确院子的具体分配细节（如面积、位置、使用权限等），以避免未来产生争议。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就协议内容达成一致，或者对协议的法律效力存在疑问，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，并协助双方通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
- 保留相关证据：在签订和执行协议过程中，双方应保留好相关证据（如协议文本、聊天记录、证人证言等），以便在发生争议时能够证明自己的主张。
可能后果：
- 协议有效：如果协议内容合法、双方签订过程合法且意图明确，那么协议通常是有效的。双方应按照协议内容履行各自义务，否则可能承担违约责任。
- 协议无效或可撤销：如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者存在可撤销的情形，那么协议可能被视为无效或可撤销。在这种情况下，双方可能需要重新协商分配方案或通过法律途径解决争议。