农民工在遇到用人单位拖欠工资，且希望申请支付令来维护自身权益时，可以按照以下步骤进行：

一、了解申请支付令的前提条件

根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者在证据确凿的情况下，可以依法向当地人民法院申请支付令。这意味着，您需要确保自己有充分的证据证明用人单位确实存在拖欠工资的行为。

二、准备申请支付令所需的材料

在申请支付令前，您需要准备以下材料：

1. 本人身份证件：包括身份证、户口本等有效身份证明文件。
2. 劳动关系证明材料：如劳动合同、用人单位发放的工作证、上岗证、工资支付凭证、考勤记录等，这些材料能够证明您与用人单位之间存在劳动关系。
3. 拖欠工资的证据：包括工资条、银行转账记录、用人单位出具的欠薪证明等，这些材料能够证明用人单位确实拖欠了您的工资。
4. 申请书：详细陈述用人单位拖欠工资的事实、金额以及您的具体请求事项，如要求用人单位支付拖欠的工资及相应的利息或违约金等。

三、向当地人民法院提交申请

准备好上述材料后，您可以前往当地人民法院的立案庭或民事审判庭提交申请。在提交申请时，您需要填写支付令申请书，并附上所有准备好的材料。法院在收到您的申请后，会进行审查，如果认为您的申请符合法律规定，且证据确凿，法院会依法发出支付令。

四、等待支付令的执行

支付令发出后，用人单位需要在规定的期限内履行支付义务。如果用人单位在规定期限内没有提出异议，也没有履行支付义务，您可以向法院申请强制执行。法院会依法对用人单位的财产进行查封、扣押或拍卖等措施，以保障您的合法权益得到实现。

五、注意事项

1. 确保证据确凿：在申请支付令前，您需要确保自己有充分的证据证明用人单位拖欠工资的事实，否则法院可能不会受理您的申请。
2. 及时申请：一旦发现用人单位拖欠工资，您应该尽快准备材料并申请支付令，以免错过最佳维权时机。
3. 合理选择救济途径：除了申请支付令外，您还可以选择向劳动保障监察机构投诉、向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼等途径来维护自己的权益。在选择救济途径时，您需要根据自己的实际情况和需求进行合理选择。

希望以上解答能够帮助您更好地了解农民工支付令的申请流程，并在遇到欠薪问题时能够依法维护自己的权益。