交通肇事罪免起诉是否会留案底，需根据具体的不起诉类型来判断。以下是详细分析：
一、案底的定义
案底，即犯罪记录，是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，这些记录由法院在判决后形成，并伴随个人终身。在交通肇事罪的语境下，若案件经过法院审判并判定有罪，则会留下案底。
二、交通肇事罪免起诉的情形与案底关系
法定不起诉：
- 情形：包括情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪；犯罪已过追诉时效期限；经特赦令免除刑罚；依照刑法告诉才处理的犯罪且没有告诉或撤回告诉；犯罪嫌疑人、被告人死亡；其他法律规定免予追究刑事责任等。
- 结果：不会留下案底。因为法定不起诉意味着行为本身不被认定为犯罪，案件未经法院审判，因此不会产生犯罪记录。
酌定不起诉：
- 情形：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。在交通肇事案件中，若肇事行为虽然构成犯罪但情节轻微，如肇事后果较轻、积极赔偿被害人并取得谅解、有自首立功等情节，检察院可能会酌定不起诉。
- 结果：会留有案底（但需注意，此处的“案底”概念在实务中可能存在一定争议，严格从法律程序上讲，未经法院审判不应有犯罪记录，但酌定不起诉可能因已认定犯罪构成而留下相关司法记录，对个人社会评价等可能产生类似案底的影响，为便于理解，此处按通常理解表述为会留有案底）。尽管检察院决定不起诉，但行为在事实上已被认定构成犯罪，只是基于情节轻微等原因不予刑事处罚。这种情形下，相关司法机关可能会保留一些与案件有关的内部管理和监督材料，这些材料虽不对外公开，但可能对个人产生一定影响。
证据不足不起诉：
- 情形：因证据不足不符合起诉条件。在交通肇事案件中，若证据无法达到确实、充分的证明标准，无法认定犯罪嫌疑人的行为构成交通肇事罪，则检察院会存疑不起诉。
- 结果：暂时不会留有案底。由于证据不足不能认定犯罪嫌疑人有罪，按照疑罪从无的原则，不会留下犯罪记录。但若后续发现新证据符合起诉条件并提起公诉，最终被判定有罪，则会留下案底。
三、免起诉后的法律后果
- 对于交通肇事罪的肇事者，即使人民检察院作出不起诉决定，其仍需对受害方承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费用、误工费以及可能的精神损害抚慰金等。
四、建议与警示
- 遵守交通规则：鉴于交通肇事罪带来的严重后果以及可能留下的案底对个人和家庭造成的深远影响，驾驶者应时刻保持警惕，严格遵守交通法律法规，确保行车安全。
- 积极应对事故：若不幸发生交通事故，应积极配合调查，妥善处理事故后续事宜，如积极赔偿被害人并取得谅解等，以争取更轻的处理结果。
- 咨询专业律师：在处理交通肇事罪相关案件时，由于法律程序复杂且涉及个人重大利益，建议及时咨询专业律师以获取更详细和准确的法律意见。
综上所述，交通肇事罪免起诉是否会留案底取决于具体的不起诉类型。法定不起诉和证据不足不起诉（若后续无新证据）通常不会留下案底，而酌定不起诉则可能留下类似案底的司法记录。无论何种情况，肇事者均需依法承担相应的民事赔偿责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。