当发生第三人指控甲方侵权的情况时，乙方可以按照以下步骤处理：

1. 核实指控的真实性与依据

   • 初步审查指控内容：乙方应首先要求甲方提供第三人指控的具体内容，包括侵权行为的具体描述、侵权证据（如专利证书、版权登记证明、商标注册证等）以及第三人提出的诉求（如赔偿金额、停止侵权等）。
   • 评估指控的合理性：乙方需结合合同条款、行业惯例及法律规定，初步判断指控是否具有法律依据。例如，若合同中明确约定甲方不得使用特定技术或商标，而甲方确实使用了，则指控可能成立。

2. 与甲方沟通，明确责任归属

   • 要求甲方提供抗辩证据：乙方应要求甲方提供其未侵权的证据，如自主研发证明、合法授权文件、产品差异分析等。
   • 协商责任分担：若指控成立或部分成立，乙方需与甲方协商责任分担问题。例如，若侵权是由于甲方擅自修改乙方提供的技术方案导致，乙方可能仅需承担部分责任；若侵权完全由甲方行为引起，乙方可能无需承担责任，但需根据合同约定处理后续事宜。

3. 制定应对策略，保护自身权益

   • 协助甲方应对指控：若乙方需承担一定责任或出于合作考虑，可协助甲方制定应对策略，如与第三人谈判和解、准备抗辩材料、参与诉讼或仲裁等。
   • 审查合同条款，规避风险：乙方应审查与甲方签订的合同，确认是否存在免责条款、违约责任条款等，以明确自身在侵权指控中的法律地位。若合同存在漏洞或不利条款，乙方可考虑与甲方协商补充协议或采取其他法律措施。
   • 保留追偿权利：若乙方因甲方侵权行为遭受损失（如声誉损害、经济损失等），乙方应在合同中明确追偿权利，并在实际损失发生后及时向甲方主张赔偿。

4. 预防未来风险，完善合同管理

   • 加强合同审查：在未来的合作中，乙方应加强对合同条款的审查，明确双方的权利义务，特别是关于知识产权使用、保密义务、违约责任等条款，以降低侵权风险。
   • 建立知识产权管理制度：乙方可建立内部知识产权管理制度，要求甲方在使用乙方提供的技术、商标等知识产权时，必须遵守相关法律法规及合同约定，并定期进行合规检查。

5. 法律途径解决争议

   • 协商与调解：在侵权指控发生后，乙方可建议甲方优先通过协商或调解方式解决争议，以降低诉讼成本和时间成本。
   • 诉讼或仲裁：若协商或调解无果，乙方可协助甲方通过诉讼或仲裁方式解决争议。在此过程中，乙方需提供法律支持，如准备证据材料、参与庭审或仲裁程序等。

总结：面对第三人指控甲方侵权的情况，乙方应首先核实指控的真实性与依据，与甲方沟通明确责任归属，制定应对策略保护自身权益，并预防未来风险。若争议无法通过协商解决，乙方可协助甲方通过法律途径解决争议。在整个过程中，乙方需保持冷静、理性，依法维护自身合法权益。