在贪污案件中，贪污金额的计算通常不会扣除所谓的“真实交易部分”，而是以行为人实际非法占有的公共财物数额为准。以下是对这一问题的详细分析：

1. 贪污金额的认定原则：

   • 贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。在认定贪污金额时，关键在于行为人是否非法占有了公共财物，以及非法占有的数额是多少。
   • 所谓的“真实交易部分”，如果是指行为人在贪污过程中，通过某种形式上的交易或支付来掩盖其非法占有的目的，那么这种交易或支付并不改变贪污行为的本质。因为贪污罪的核心在于非法占有公共财物，而不是交易的真实性或合法性。

2. 贪污金额的计算方法：

   • 在计算贪污金额时，通常会将行为人实际非法占有的公共财物数额作为贪污数额。这包括行为人直接侵吞、窃取、骗取的财物，以及通过其他手段非法占有的财物。
   • 如果行为人在贪污过程中，有部分财物是通过合法手段获得的（这种情况极为罕见且难以证明），但这部分财物并不构成贪污罪的犯罪对象，因此不会从贪污金额中扣除。然而，在实际情况中，几乎不可能存在完全合法的部分与贪污部分完全分离的情况，因为贪污行为本身就具有非法性。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如行为人贪污后部分退赃或上缴的，这部分退赃或上缴的财物可能会在量刑时作为从轻或减轻处罚的情节考虑，但并不会影响贪污金额的认定。
   • 如果行为人贪污的财物中包含有应支付给第三方的款项（如税款、费用等），且这些款项在贪污行为发生时并未实际支付，那么这些款项通常也会被计入贪污金额。因为行为人通过贪污行为逃避了这些应支付的款项，实际上非法占有了这部分财物。

4. 法律后果与建议：

   • 贪污罪是一种严重的犯罪行为，一旦查实，将面临严厉的刑事处罚。因此，对于涉嫌贪污的行为人来说，及时咨询专业律师并积极配合调查是至关重要的。
   • 作为律师，我会建议涉嫌贪污的行为人如实供述自己的罪行，积极退赃或上缴非法所得，以争取从轻或减轻处罚。同时，我也会根据案件的具体情况，为行为人提供全面的法律辩护和策略建议。

总结来说，贪污金额的计算是以行为人实际非法占有的公共财物数额为准的，通常不会扣除所谓的“真实交易部分”。如果您或您身边的人涉嫌贪污罪，请直接向我咨询，我会根据案件的具体情况为您提供专业的法律帮助。