招标文件中的合同在签订时是可以修改的，但必须遵循严格的法律规定和特定条件。以下是对此问题的详细分析：
一、合同变更的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。这意味着，在招标文件转化为正式合同的过程中，只要双方达成合意，且变更内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就可以对合同内容进行变更。
二、招标合同变更的具体情形
协商一致的变更：
- 在签订正式合同前，招标人与中标人可以就招标文件中的某些条款进行协商，并达成一致意见，从而修改合同内容。这种变更通常需要以书面形式确认，以确保变更的合法性和有效性。
- 实例：如因设计变更导致工程量增加，发包人和承包人可在签订正式合同前，经协商一致调整工程价款和工期，并将这些变更写入正式合同中。
法定情形的变更：
- 在某些法定情形下，如因不可抗力导致合同无法履行或继续履行将造成重大损失时，双方也可以协商变更合同内容。此外，如果合同中存在显失公平、重大误解等情形，受损害方也有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销合同。
- 实例：若中标人在订立合同时存在欺诈行为，如提供虚假业绩证明，招标人有权在签订正式合同前请求变更合同相关条款，甚至撤销合同。
基于招投标文件及答疑纪要的变更：
- 如果招投标文件或答疑纪要中明确规定了某些可以变更的情形或条件，那么在满足这些条件时，双方也可以依据相关规定变更合同内容。
三、招标合同变更的限制条件
不得实质性变更：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条的规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。这意味着，在签订正式合同时，双方不得随意更改招标文件中已明确的规格、数量、价格、交付时间等关键内容，否则可能导致合同无效并承担法律责任。
遵循法定程序：
- 合同变更若涉及审批、登记等法定程序，需按规定办理相关手续。特别是涉及公共资源交易的招标合同变更，可能需原审批部门批准。
四、招标合同变更的程序要求
提出变更申请：
- 任何一方希望变更合同内容时，应首先向另一方提出书面变更申请，说明变更的原因、内容和影响。
协商达成一致：
- 双方应就变更申请进行协商，并尽力达成一致意见。在协商过程中，应充分考虑对方的利益和关切点。
签订补充协议：
- 如果双方就变更内容达成一致意见，应签订书面的补充协议来确认变更事项。补充协议应明确变更的内容、生效时间以及双方的权利和义务等关键信息。
履行审批和备案手续（如需）：
- 根据相关法律法规和招标文件的要求，某些合同变更可能需要经过相关部门的审批或备案手续。在这种情况下，双方应按照规定的程序和要求办理相关手续。
五、注意事项
- 确保变更的合法性：合同变更必须遵守法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗。
- 保护各方利益：在变更合同内容时，应充分考虑各方的利益和关切点，确保变更后的合同能够平衡各方的权益。
- 及时办理相关手续：如需办理审批、备案等手续，应及时按照规定的程序和要求完成相关流程，以确保变更的合法性和有效性。
总结来说，招标文件中的合同在签订时是可以修改的，但必须遵循严格的法律规定和特定条件。在实际操作中，如果遇到复杂情况或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据具体情况给出专业的法律建议。