在两个案件存在交叉执行的情形下，诉讼时效的起点确实应当分别认定。以下是对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本概念
诉讼时效，是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。它旨在促使权利人及时行使权利，稳定法律秩序，避免法律关系长期处于不确定状态。
二、交叉执行情形下的诉讼时效认定
案件独立性原则：
- 每个案件都有其独立的法律事实和法律关系，因此，诉讼时效的起点也应当根据每个案件的具体情况来分别认定。
- 在交叉执行的情形下，虽然两个案件可能存在某种关联或相互影响，但这并不改变它们各自独立的法律地位。
诉讼时效起点的确定：
- 诉讼时效的起点通常是从权利人知道或应当知道其权利受到侵害之日起计算。
- 在交叉执行的情形下，对于每个案件而言，权利人知道或应当知道其权利受到侵害的时间可能是不同的。因此，诉讼时效的起点也应当分别根据每个案件的具体情况来确定。
实例分析：
- 假设有两个案件A和B，案件A的执行可能影响到案件B的执行结果，但这两个案件的法律事实和法律关系是独立的。
- 如果权利人在案件A中知道其权利受到侵害的时间为T1，在案件B中知道其权利受到侵害的时间为T2，且T1不等于T2，那么案件A和案件B的诉讼时效起点就应当分别认定为T1和T2。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果权利人未能在诉讼时效期间内行使权利，其请求权可能会受到法律的保护限制或丧失。
- 在交叉执行的情形下，如果权利人未能及时对每个案件分别行使权利，可能会导致其错过某些案件的诉讼时效，从而影响其整体权益。
建议：
- 权利人应当密切关注每个案件的进展情况，及时了解其权利是否受到侵害。
- 在知道或应当知道其权利受到侵害后，权利人应当尽快行使权利，如提起诉讼或申请仲裁等，以避免错过诉讼时效。
- 如果权利人面临多个相互关联或交叉执行的案件，建议咨询专业律师，以便更好地了解每个案件的诉讼时效情况，并制定相应的维权策略。
综上所述，在两个案件存在交叉执行的情形下，诉讼时效的起点应当分别认定。权利人应当根据每个案件的具体情况来及时行使权利，以避免错过诉讼时效并保障其合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。