结论：因生二胎导致法院有案底，是否可以担任妇联主任需分情况讨论，主要取决于案底性质、是否涉及道德或纪律处分以及具体选拔规定。

1. 案底性质是关键
   若“案底”仅指因违反计划生育政策（如超生）被法院作出行政处罚（如缴纳社会抚养费），且未涉及刑事犯罪，则一般不影响担任妇联主任。根据《中华人民共和国公务员法》及《村民委员会组织法》，行政处罚通常不构成政治权利或任职资格的限制，但需结合地方具体规定。
   若“案底”涉及刑事犯罪（如因超生引发其他违法行为被判刑），则根据《村民委员会组织法》第十一条，曾因犯罪受过刑事处罚的人员不得担任村（居）委会成员，妇联主任作为基层群众性自治组织成员，同样适用此限制。

2. 道德与纪律审查的影响
   妇联主任的选拔通常需通过组织考察，若案底涉及严重违反社会公德（如超生导致恶劣社会影响），可能被认定为不符合“品行良好”的选拔条件。此外，若案底导致个人被纳入失信联合惩戒对象名单，也可能影响任职资格。

3. 地方性规定的差异
   部分地区可能对妇联干部的任职资格有额外要求（如无违法生育记录），需查阅当地妇联章程或选拔公告。例如，某些省份明确规定“违反计划生育政策未处理完毕的”不得参选，但若已依法接受处罚且无其他违法情形，可能不构成绝对障碍。

建议行动步骤：

1. 核实“案底”具体性质（行政处罚/刑事犯罪）；
   
2. 查阅当地妇联或组织部门的选拔规定；
   
3. 若符合条件，可主动向选拔单位说明情况并提交相关证明（如处罚结案证明）。
   

如有进一步细节（如案底具体类型、所在地区等），可向我补充说明，我会结合具体情形为您分析。