针对鉴定机构鉴定不适宜拆除超面积建房部分的情况，行政机关应当采取以下措施：

1. 尊重并采纳鉴定意见：

   • 行政机关在收到鉴定机构出具的鉴定意见后，应首先进行仔细审查，确认鉴定意见的合法性和合理性。若鉴定意见明确指出超面积建房部分不适宜拆除，行政机关应当尊重这一专业判断，并据此调整原有的处理方案。

2. 考虑替代性处理措施：

   • 既然不适宜拆除，行政机关就需要考虑其他替代性的处理措施。例如，可以要求违法建设者补办相关手续，使其建设行为合法化；或者要求违法建设者缴纳罚款，并对其进行教育警告，以防止类似行为再次发生。
   • 在考虑替代性处理措施时，行政机关应确保措施既符合法律法规的规定，又能有效维护公共利益和社会秩序。

3. 依法作出行政决定：

   • 根据鉴定意见和替代性处理措施的考虑，行政机关应依法作出行政决定。这一决定应明确告知违法建设者其建设行为的性质、后果以及应承担的责任，并明确指出将采取的处理措施。
   • 行政决定应以书面形式作出，并送达违法建设者，确保其知悉并理解决定的内容。

4. 监督执行与后续管理：

   • 行政机关应对违法建设者执行行政决定的情况进行监督，确保其按照决定的要求进行整改或接受处罚。
   • 同时，行政机关还应加强后续管理，防止类似违法建设行为再次发生。例如，可以加强对该区域的巡查力度，及时发现并制止新的违法建设行为。

5. 考虑法律救济途径：

   • 如果违法建设者对行政决定不服，行政机关应告知其有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 行政机关应积极配合复议机关或法院的审查工作，提供必要的证据和材料，确保案件的公正处理。

法律背景与建议：

• 在处理此类案件时，行政机关应严格遵守法律法规的规定，确保行政行为的合法性和合理性。同时，行政机关还应注重保护违法建设者的合法权益，避免过度使用行政权力造成不必要的损害。
• 如果行政机关在处理过程中遇到法律难题或需要进一步的法律指导，可以随时向我咨询。我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。

可能法律后果：

• 如果行政机关未依法处理超面积建房部分，或者处理不当导致公共利益受损，可能会面临法律责任和行政监督的质疑。因此，行政机关在处理此类案件时应格外谨慎和负责。