贷款合同丢失不影响办理结清证明，但需根据具体情况采取不同措施。以下是具体分析：

1. 银行或金融机构的常规操作
   结清证明是证明贷款已还清的凭证，其开具主要依据贷款的实际偿还记录（如还款流水、系统扣款记录等），而非贷款合同本身。因此，即使合同丢失，只要贷款已结清，金融机构通常仍会出具结清证明。但部分机构可能要求提供合同编号或身份信息以核对贷款记录，此时需配合提供其他材料。

2. 合同丢失后的补救措施

   • 联系金融机构调取存档：贷款合同一般会在银行或贷款机构留存副本，可直接申请调取或复印，并加盖公章确认与原件一致。
     
   • 提供还款凭证替代：若合同无法调取，可提交还款记录（如银行流水、还款凭证截图等）作为辅助证明，说明贷款已结清。
     
   • 书面说明情况：部分机构可能要求签署《合同遗失声明》，承诺合同内容真实且未用于其他用途，以降低风险。

3. 特殊情况处理

   • 抵押类贷款：若贷款涉及抵押（如房贷、车贷），结清后需办理解押手续。此时除结清证明外，还需提供抵押合同、他项权证等材料。若合同丢失，需优先补办抵押合同或由金融机构出具解押所需文件。
     
   • 合同中有特殊条款：若合同中约定“结清证明需以合同原件为前提”，则需与金融机构协商变通方案（如以公章确认的复印件替代）。

建议行动步骤：

1. 立即联系贷款机构，说明合同丢失情况，询问结清证明的具体要求；
   
2. 根据机构要求，准备还款记录、身份证明等材料；
   
3. 若涉及抵押，同步咨询解押流程及所需文件。
   

如有其他细节需进一步分析（如合同类型、贷款机构要求等），可直接向我咨询。