关于清单计价费率优惠项目是否合法的问题，这主要取决于具体的政策环境、项目类型以及优惠措施的实施方式。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在政府采购项目中，为了支持中小企业发展，确实存在价格评审优惠的政策。根据《政府采购促进中小企业发展管理办法》和《关于进一步加大政府采购支持中小企业力度的通知》等相关政策，对于经主管预算单位统筹后未预留份额专门面向中小企业采购的采购项目，以及预留份额项目中的非预留部分采购包，采购人、采购代理机构在评审时应当给予小微企业报价一定比例（如工程项目为3%-5%）的价格扣除，用扣除后的价格参加评审。这种优惠措施是合法的，并且是为了促进公平竞争和支持中小企业发展而设定的。

然而，当涉及到清单计价费率优惠项目时，情况就可能因项目类型和具体实施方式而异。特别是在非政府采购的工程项目中，清单计价费率的优惠通常不是由政府直接规定的，而是由市场供求关系、企业竞争状况以及合同条款等多种因素共同决定的。

新版工程量清单计价标准的发布，进一步强调了市场在资源配置中的决定性作用，并减少了政府对价格的不当干预。这意味着，在清单计价过程中，发承包双方应更加注重市场真实数据、企业成本以及风险分配等因素，以合理确定工程造价。因此，如果清单计价费率优惠项目是基于市场供求关系、企业竞争状况以及合理风险分配等因素而设定的，并且符合相关法律法规和合同条款的规定，那么这种优惠项目就是合法的。

但需要注意的是，任何优惠措施的实施都应遵循公平、公正、公开的原则，并且不得损害其他市场主体的合法权益。如果优惠措施的实施存在不公平、不透明或违反法律法规的情况，那么就可能引发争议或法律纠纷。

综上所述，清单计价费率优惠项目的合法性取决于具体的政策环境、项目类型以及优惠措施的实施方式。在政府采购项目中，为了支持中小企业发展而设定的价格评审优惠是合法的；而在非政府采购的工程项目中，优惠措施的合法性则取决于市场供求关系、企业竞争状况以及合同条款等多种因素。因此，在实施清单计价费率优惠项目时，建议相关方充分了解政策环境、项目类型以及法律法规的规定，以确保优惠措施的合法性和有效性。