已方向甲方结算工程款，通常需要完成以下手续，以确保结算流程合法合规且双方权益得到保障：

1. 工程验收与质量确认
   已方需确保工程已按照合同约定完成并通过甲方验收，取得甲方签署的《工程竣工验收报告》或类似文件。若工程存在质量问题或未完工部分，甲方有权暂缓结算直至整改完成。此步骤是结算的前提，直接关系到后续款项支付条件是否成就。

2. 结算资料准备与提交
   已方需向甲方提交完整的结算资料，包括但不限于：

   • 结算书（含工程量计算书、单价分析表等）；
     
   • 合同文件（主合同及补充协议）；
     
   • 变更签证单（如涉及设计变更、工程量增减等）；
     
   • 材料设备认价单（如有约定）；
     
   • 发票及付款申请表。
     资料需真实、完整且符合合同约定形式，否则甲方可能以“资料不全”为由拒绝结算。

3. 结算审核与确认
   甲方收到资料后，通常会在合同约定时间内（如30日）完成审核，并出具《结算审核报告》或签署《结算协议》。若双方对结算金额存在争议，可按合同约定通过协商、第三方审计或诉讼/仲裁解决。关键点：合同中若约定“以甲方审核结果为准”，已方需在签约时争取加入“异议期”条款（如对审核结果有异议，应在X日内提出复核），避免单方审核权滥用。

4. 发票开具与付款
   结算确认后，已方需按合同约定向甲方开具合法有效的增值税专用发票（如涉及增值税），甲方在收到发票后按合同约定支付工程款。注意：若合同未明确付款时间，根据《民法典》第807条，甲方应在收到结算文件后合理期限内支付，逾期可主张逾期利息。

5. 其他特殊手续

   • 质保金处理：若合同约定质保金，需在质保期届满后，凭甲方签署的《质保期满验收单》申请退还；
     
   • 农民工工资支付证明：部分地区要求已方提供农民工工资已足额支付的证明（如银行代发记录），否则甲方可暂扣部分款项；
     
   • 政府备案或审批：涉及政府投资项目时，可能需经财政评审或审计部门审核后才能结算。

风险提示：

• 若合同未明确结算流程或手续，易引发纠纷，建议已方在签约时细化条款（如结算资料清单、审核时限、争议解决方式等）；
  
• 结算过程中需保留所有书面沟通记录（如邮件、函件），避免口头约定；
  
• 若甲方拖延结算，已方可依据《民法典》第563条主张解除合同并要求赔偿损失，或通过“工程价款优先受偿权”（需在法定期限内行使）保障权益。

如有具体合同条款或结算争议，可进一步提供细节，我将结合实务经验为您分析。