当您的儿子在当兵后查出父亲曾经有严重犯罪问题时，这确实是一个复杂且敏感的情况，需要从多个层面来妥善处理。以下是我为您详细梳理的处理建议：
一、法律层面
明确法律责任：
- 首先要明确的是，您作为独立的个体，其犯罪行为应由您自身承担法律责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，任何人犯罪都应受到法律的制裁，这与犯罪者的子女身份或职业无关。
- 您的儿子在法律上与您是两个独立的主体，您的犯罪行为不会直接转嫁给他，也不会影响他作为军人的法律地位。
配合司法调查：
- 如果司法机关需要对您的犯罪情况进行调查或取证，您和您的家庭应积极配合，提供必要的协助和信息。
- 同时，您的儿子也有权了解案件进展和自身权益的保障情况，他可以通过合法途径向相关部门咨询。
寻求法律援助：
- 如果您或您的儿子对法律问题存在疑问或困惑，建议寻求专业律师的帮助。律师可以提供准确的法律意见和指导，帮助您和您的儿子更好地应对这一情况。
二、军队管理层面
遵守军队纪律：
- 您的儿子作为军人，应严格遵守军队的纪律和规定。他应确保个人或家庭问题不会影响军事任务和职责的履行。
- 在处理家庭事务时，他应保持冷静和理智，避免将情绪带入工作中，以免影响军队的正常秩序。
报告相关情况：
- 根据军队的规定，军人可能需要向所在单位报告家庭成员的违法犯罪情况。这是为了维护军队的纯洁性和战斗力，确保军队的安全稳定。
- 您的儿子应及时、如实地向单位领导汇报相关情况，并积极配合单位的调查和处理工作。这有助于军队更好地了解情况，采取必要的措施。
接受组织关怀：
- 军队通常会关注军人家属的情况，并在必要时提供帮助和支持。您的儿子可以积极向组织反映困难和需求，争取得到组织的理解和帮助。
- 军队可能会提供心理疏导、法律援助等方面的支持，帮助您的儿子更好地应对这一挑战。
三、心理和社会支持层面
保持心理健康：
- 面对家庭成员的犯罪行为，您的儿子可能会承受巨大的心理压力和负担。此时，保持心理健康至关重要。
- 他可以通过与家人、朋友或心理咨询师交流来缓解压力，调整心态。心理咨询师可以提供专业的心理支持，帮助他更好地应对这一困境。
寻求社会支持：
- 您的儿子可以寻求社会各界的支持和理解，包括社区、志愿者组织等。这些组织可能提供法律咨询、心理疏导等方面的帮助。
- 通过与社会各界的交流，您的儿子可以获得更多的理解和支持，减轻心理负担。
树立正面形象：
- 尽管家庭成员犯了罪，但您的儿子仍应通过自身的努力和表现来树立正面的形象。他可以通过积极参与军队活动、履行军人职责等方式来展现自己的优秀品质。
- 这有助于增强社会的认同感和尊重感，也有助于缓解因家庭成员犯罪而带来的负面影响。
总之，面对这一复杂情况，您和您的儿子需要保持冷静和理智，积极应对挑战。通过法律途径、军队管理和社会支持等多方面的努力，相信您们能够妥善处理这一问题，并继续前行。