在处理购买二手房后原户主户口未迁出，且合同中约定了每天万分之五违约金的情况时，法院的判决会综合考虑多个因素来确保公平合理。以下是对此问题的详细解答：
首先，需要明确的是，配合迁出房屋内户口是出卖人的合同附随义务，这一点在房屋买卖合同中通常会有明确约定。如果出卖人未按照合同约定及时迁出户口，确实构成违约，买受人有权依据合同约定标准主张权利。
然而，在法院审理此类纠纷时，并不会单纯依据合同约定的违约金标准来判决。法院会综合考量以下因素：
出卖人的过错程度：法院会评估出卖人未迁出户口的主观过错大小。如果出卖人并非故意拖延，而是在某些客观原因下未能及时迁出，法院可能会酌情减轻其违约责任。
户籍逾期迁出的时长：逾期迁出的时间长度也是法院考虑的重要因素。如果逾期时间较短，且出卖人在买受人提出要求后随即完成了户口迁出手续，法院可能会认为其违约情节较轻。
买受人的实际损失：违约金的主要功能是补偿守约方的实际损失。因此，法院会要求买受人提供证据证明因出卖人未及时迁出户口而造成的具体客观损失。如果买受人无法提供充分证据，法院可能会酌情调整违约金数额。
合同约定的违约金标准：虽然合同约定的违约金标准是法院判决的重要参考，但法院并不会完全受其约束。如果法院认为合同约定的违约金标准过高或过低，可能会根据《民法典》的相关规定进行适当调整。
以您提到的每天万分之五的违约金标准为例，法院在判决时可能会这样考虑：如果出卖人逾期迁出户口的时间较短，且买受人未能提供充分证据证明其实际损失，法院可能会认为按照每天万分之五的标准支付违约金过高，从而酌情降低违约金数额。反之，如果出卖人逾期迁出户口的时间较长，且给买受人造成了较大损失，法院可能会支持按照合同约定的标准支付违约金。
此外，还需要注意的是，户口迁出问题属于公安机关户籍部门的主管范围，法院通常不会直接判决出卖人迁出户口。但是，法院可以通过判决出卖人支付违约金等方式来督促其尽快履行迁出户口的义务。
综上所述，法院在处理此类纠纷时会综合考虑多个因素来确保判决的公平合理。因此，如果您作为买受人遇到此类问题，建议积极收集证据证明自己的实际损失，并与出卖人进行协商。如果协商无果，可以向法院提起诉讼并寻求专业律师的帮助。