行政机关与企业签订的合作协议涉及行政事业性收费，该协议的效力需根据具体情况来判断，但通常情况下，只要符合相关法律法规的规定，该协议是有效的。以下从多个角度进行分析：

协议效力的基本判断

1. 合法性原则：行政机关与企业签订的合作协议，若涉及行政事业性收费，必须严格遵守国家关于行政事业性收费的法律法规。这包括收费项目的设立、收费标准的制定、收费程序的执行等方面。只要协议内容符合这些法律法规的规定，协议就具备合法性，从而具有法律效力。

2. 双方意思表示真实：协议的签订必须基于双方真实的意思表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果行政机关或企业在签订协议时存在违法行为或不当行为，导致协议内容并非双方真实意愿的体现，那么协议可能因意思表示不真实而被认定为无效。

涉及行政事业性收费的特殊考量

1. 收费项目的合法性：行政事业性收费项目必须由法律、行政法规或国务院规定设立。如果协议中涉及的收费项目未经合法设立，或者属于已被取消的收费项目，那么该部分协议内容可能因违法而无效。

2. 收费标准的合理性：行政事业性收费标准应当合理、公正，并符合国家的价格政策。如果协议中约定的收费标准明显高于或低于合理水平，或者存在不公平的条款，那么该部分协议内容可能因显失公平或违反公序良俗而被认定为无效或可撤销。

3. 收费程序的合规性：行政机关在收取行政事业性费用时，必须按照规定的程序进行，包括开具合法的收费票据、将收费收入纳入财政预算管理等。如果协议中约定的收费程序违反了相关规定，那么该部分协议内容可能因程序违法而无效。

协议效力的其他影响因素

1. 协议形式要件：根据《民法典》等相关法律法规的规定，某些类型的合同可能需要采用书面形式或其他特定形式才能生效。如果协议未满足这些形式要件，那么协议可能因形式不合法而无效。不过，在大多数情况下，行政机关与企业签订的合作协议都会采用书面形式，因此这一因素对协议效力的影响相对较小。

2. 协议内容是否违反强制性规定：除了上述关于行政事业性收费的特殊规定外，协议内容还不得违反法律、行政法规的强制性规定。如果协议中存在违反强制性规定的条款，那么该部分条款可能无效，但不影响其他部分条款的效力（除非其他部分条款也违反了强制性规定或与无效条款存在紧密关联）。

法律建议

1. 审查协议内容：在签订涉及行政事业性收费的合作协议前，双方应仔细审查协议内容，确保协议符合相关法律法规的规定，特别是关于收费项目、收费标准和收费程序等方面的规定。

2. 咨询专业律师：如果双方对协议内容的合法性或效力存在疑问，建议咨询专业律师进行法律审查。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助双方规避法律风险。

3. 关注政策变化：由于行政事业性收费政策可能随着国家法律法规的修订或政策调整而发生变化，因此双方在签订协议后也应持续关注相关政策变化，确保协议内容始终符合最新规定。

如果您在行政机关与企业签订的合作协议涉及行政事业性收费方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。