收到询证函中记载欠贵公司款项时，应按以下步骤处理：

1. 核实函件真实性及内容准确性

   • 确认询证函是否由对方公司通过正规渠道（如加盖公章的纸质函件或官方电子系统）发出，避免伪造或篡改风险。
     
   • 核对函件中记载的欠款金额、交易时间、合同编号等关键信息是否与贵公司财务记录一致。若存在差异，需立即与对方财务部门或业务对接人沟通，要求对方提供明细依据（如合同、发票、对账单等），并留存书面沟通记录。

2. 区分欠款性质并采取对应措施

   • 若欠款属实且无争议：
     根据合同约定的付款期限，向对方发送书面催款通知（建议通过EMS邮寄并留存寄送凭证），明确要求对方在指定期限内支付欠款，并保留催款记录作为后续诉讼或仲裁的证据。若对方仍不履行，可依据《民法典》第675条（借款人应按约定期限返还借款）及合同条款，向法院提起诉讼或申请仲裁，主张欠款本金、逾期利息及维权合理费用。
     
   • 若对欠款存在争议（如已部分支付、质量异议等）：
     立即整理争议证据（如付款凭证、质量检测报告、沟通记录等），在法定期限内（通常为收到询证函后15-30日）向对方书面回复，明确说明争议点及拒绝确认欠款的理由。若对方坚持要求确认，可要求其通过诉讼或仲裁解决争议，避免因未回复被推定为认可欠款。
     
   • 若欠款已过诉讼时效：
     根据《民法典》第188条，普通诉讼时效为3年（自知道权利受损之日起算）。若欠款已超时效且对方主张时效抗辩，可尝试通过与对方协商签订还款协议、要求对方书面确认欠款等方式中断时效，重新获得法律保护。

3. 防范法律风险

   • 避免在未核实的情况下直接签署“信息证明无误”等表述，否则可能被认定为对欠款的认可，丧失争议抗辩权。
     
   • 若对方以询证函为证据起诉，需在答辩期内提出反证（如已付款凭证、质量不合格证据等），否则法院可能直接依据询证函内容判决支付欠款。
     
   • 定期对账并留存书面记录，避免因财务记录缺失导致举证困难。

建议：若涉及大额欠款或复杂交易结构，建议委托律师介入处理，包括审核合同条款、制定催收策略、参与谈判或代理诉讼，以最大限度维护贵公司权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。