施工许可证的办理主体及费用承担问题，需结合具体法律法规及合同约定综合判断，核心结论如下：

1. 施工许可证的办理主体
   根据《中华人民共和国建筑法》第七条及《建筑工程施工许可管理办法》第四条，施工许可证应由建设单位（即甲方）向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请办理。乙方（施工单位）作为施工主体，通常不直接负责办理，但需配合提供相关资质文件（如营业执照、安全生产许可证等）及技术资料（如施工组织设计、专项施工方案等）。
   例外情形：若合同明确约定由乙方代为办理，且甲方提供必要协助（如授权委托、资料盖章等），则乙方可成为形式上的办理主体，但法律责任仍由甲方承担。

2. 施工许可证的办理费用承担
   施工许可证的办理费用（如工本费、审批费等）通常属于行政性收费，法律未明确规定费用承担方，需以合同约定为准。实践中存在以下三种情形：

   • 甲方承担：若合同未约定或约定由甲方承担，费用一般由甲方支付，因其为法定办理主体。
     
   • 乙方承担：若合同明确约定“乙方负责办理施工许可证并承担相关费用”，则乙方需支付，但需注意该条款不得违反法律强制性规定（如不得要求乙方承担应由甲方履行的法定义务）。
     
   • 按比例分摊：若施工许可证的办理涉及双方共同义务（如甲方提供土地证明、乙方提供施工资质），费用可能按合同约定比例分摊。

3. 法律风险提示

   • 甲方风险：若甲方未依法办理施工许可证，可能面临《建筑法》第六十四条规定的行政处罚（责令改正、停止施工、罚款），且工程合同可能因违反效力性强制性规定被认定无效。
     
   • 乙方风险：若乙方未配合办理或提供虚假资料导致许可证无法取得，可能承担违约责任（如赔偿工期延误损失），甚至因“未取得施工许可证擅自施工”被行政处罚。
     
   • 费用争议解决：若合同未约定费用承担且双方协商不成，可依据《民法典》第五百一十条（合同补充约定）或第五百一十一条（按交易习惯、费用与利益关系等确定）处理，必要时通过诉讼或仲裁解决。

建议：

• 签订工程合同时，明确约定施工许可证的办理主体、费用承担及违约责任，避免歧义。
  
• 办理过程中，双方应留存沟通记录（如邮件、微信）及费用支付凭证，以备争议时举证。
  
• 若遇行政处罚或合同纠纷，可进一步向我咨询具体应对策略。