在两家公司交接期，对于员工的处理，首先需要明确的是，工作交接是劳动者离职时应履行的法定义务，但这并不意味着用人单位可以因此扣发员工的工资。以下是对这一问题的详细解答：
一、工作交接的法定义务
根据《劳动合同法》第五十条的规定，双方解除或终止劳动合同的，劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。这是劳动者在离职时应尽的义务，旨在确保工作的连续性和公司运营的平稳过渡。
二、工资支付的法定义务
同时，《劳动合同法》第三十条以及《中华人民共和国劳动法》第五十条都明确规定了，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，只要劳动者正常提供了劳动，就有依法获得劳动报酬的权利。
三、交接期工资支付的处理
不得扣发工资：在两家公司交接期，即使员工未完成工作交接，用人单位也无权扣发其工资。因为工资支付是法定义务，与工作交接是两个独立的法律关系。用人单位不能以员工未完成工作交接为由，拒绝支付其应得的工资。
依法追偿交接损失：如果员工未完成工作交接给用人单位造成了损失，用人单位可以依法向员工追偿。但这需要通过法律途径解决，如提起仲裁或诉讼，而不能直接扣发员工的工资。
明确交接内容和要求：为了避免交接期出现纠纷，用人单位在与员工约定工作交接时，应明确具体的内容和要求。交接内容应具有可执行性，如要求返还办公电脑、工作文件、办公用品等。这样，在员工未完成交接时，用人单位可以更有依据地追偿损失。
四、实际操作建议
提前沟通：在员工离职前，用人单位应与员工进行充分沟通，明确工作交接的具体内容和要求，以及交接的时间和方式。
书面确认：双方可以签订书面交接协议，明确交接的具体事项和责任划分。这样，在交接过程中出现问题时，可以更有依据地解决。
及时支付工资：无论员工是否完成工作交接，用人单位都应按照劳动合同约定和国家规定，及时足额支付员工的工资。
综上所述，在两家公司交接期，员工应履行工作交接的法定义务，但用人单位不得因此扣发其工资。如果员工未完成交接给用人单位造成了损失，用人单位应依法追偿，而不是直接扣发工资。