公司可采取以下措施来妥善处理员工因借网贷催款而被电话骚扰的情况：

1. 核实情况并保护员工隐私
   首先，公司应核实来电的真实性，确认是否为合法的催收机构，并了解员工是否确实存在网贷逾期的情况。在处理过程中，公司需严格保护员工的个人隐私，避免将员工的个人信息泄露给无关第三方。若催收电话频繁且影响公司正常运营，公司有权要求催收方提供合法授权证明，并告知其不得在工作时间频繁打扰。

2. 与员工沟通并提供支持
   公司应与涉事员工进行私下沟通，了解其经济状况及网贷的具体情况。若员工因特殊原因（如突发疾病、家庭变故等）导致暂时无法还款，公司可考虑提供一定的支持，如允许员工申请短期无息借款、调整工作时间以便其兼职还款，或协助其与网贷平台协商延期还款等。

3. 明确公司立场并拒绝非法要求
   若催收方要求公司代为偿还员工债务或提供员工个人信息，公司应明确拒绝。根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，公司无义务为员工个人债务承担责任，且未经员工同意，公司不得擅自泄露其个人信息。若催收方采取威胁、恐吓等非法手段，公司可保留相关证据并报警处理。

4. 加强内部管理并开展法律培训
   公司可借此机会加强内部管理，例如完善员工借款审批流程、建立债务风险预警机制等，以降低类似事件的发生概率。同时，公司可定期开展法律培训，提高员工的法律意识，引导其合理借贷并避免陷入高利贷等非法金融陷阱。

5. 协助员工寻求法律援助
   若员工因网贷问题陷入法律纠纷，公司可协助其联系法律援助机构或提供法律咨询支持，帮助其维护合法权益。例如，若员工遭遇“套路贷”、暴力催收等违法行为，公司可鼓励其向公安机关报案或向法院提起诉讼。

总结：公司在处理此类事件时，需平衡员工隐私保护、公司正常运营及法律合规性三方面需求。通过核实情况、与员工沟通、明确公司立场、加强内部管理及协助员工寻求法律援助等措施，公司可有效应对网贷催收电话的骚扰，同时维护员工的合法权益。若您有进一步疑问或需具体操作建议，可直接向我咨询。