结论前置：公司有两个公章的合法性并非绝对，而是取决于这两个公章的具体使用情况及是否符合相关法律法规的规定。一般而言，公司应仅拥有一个经过合法备案的公章，但在特定情况下，如业务需要或遵循严格程序和规定，公司可能拥有多个合法公章。
合法性与唯一性要求
法律法规依据：
- 根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》等相关法规，企业事业单位的印章具有唯一性和权威性，代表单位意志，且需到公安机关指定的刻章单位刻制，并在公安机关进行备案。公司公章作为对外进行意思表示的法定凭证，原则上只能有一个经过合法备案的公章，以保证交易安全和市场秩序。
唯一性要求：
- 正常情况下，公司应仅持有一枚经公安机关备案的公章，该公章具有最高的法律效力。未经备案私自刻制多枚公章可能涉嫌违法，根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，将面临行政处罚。
特殊情况与合法备案
业务需要：
- 公司可能因业务需要而拥有合同专用章、财务专用章等，这些印章也需要在相关部门进行备案，并且在规定的范围内使用才具有法律效力。这些专用章并不等同于拥有两个具有同等效力、随意使用的公章，而是有严格的界定和区分。
公章更换：
- 若因公章损坏等原因需要重新刻制新公章，在旧公章按规定封存或销毁之前，可能短时间内会同时存在新旧两个公章。但这必须遵循严格的程序和规定，包括向公安机关备案、公告旧公章作废等，以确保新旧公章的合法性和有效性。
法律风险与使用规范
法律风险：
- 若公司未经合法备案程序私自刻制并使用第二个公章，将属于违法行为，可能会面临公安机关的行政处罚。同时，在合同签订、文件签署等场景下，使用未经备案的公章可能引发合同效力的争议，给交易相对方带来困惑和风险，也容易引发纠纷。
使用规范：
- 为了避免潜在的法律风险，公司应确保所有使用的公章都已经过合法的备案程序，并在使用过程中严格遵守相关法律法规和公司内部规定。公司应建立完善的公章管理制度，明确公章的使用范围、权限和责任，确保公章的安全、合规使用。例如，公章应由专门的部门或人员负责保管和使用，并登记每次使用的详细情况。
建议措施
统一公章管理：
- 公司应建立严格的公章管理制度，确保仅持有一枚合法有效的公章（或明确少数几枚公章的具体用途和使用权限）。对于不再使用的公章，应及时按照规定程序进行销毁，并办理相关备案注销手续。
加强内部控制：
- 确保公章的使用符合公司的授权和审批流程，对于需要使用公章的文件或合同，应经过相关部门或人员的审核和批准。通过内部控制措施防止公章的滥用和盗用。
法律风险防范：
- 在使用公章时，应严格遵守相关法律法规和合同约定。对于重要的法律文件，建议进行审查和指导，以确保其合法性和有效性。
定期审计与检查：
- 定期对公章的使用情况进行审计和检查，及时发现和纠正存在的问题。对于违反公章管理制度的行为，应依法依规进行处理，以维护公司的合法权益和交易安全。
总结：公司有两个公章的合法性取决于公章的具体使用情况及是否符合相关法律法规的规定。为了确保公司的合法权益和交易安全，建议公司采取统一公章管理、加强内部控制、防范法律风险以及定期审计与检查等措施。如有任何关于公章的疑问或需求，可以直接向我咨询。