在民事案件中，确定总公司和独立法人的子公司谁是被告，主要取决于具体的案情和法律关系。以下是从不同角度进行的分析：

1. 子公司具有独立法人资格的情况：

   • 子公司独立承担责任：如果子公司是依法设立并具有独立法人资格的，那么它通常能够独立承担民事责任。在这种情况下，如果纠纷或侵权行为是由子公司直接引起的，那么子公司应当作为被告。
   • 总公司不直接担责：总公司作为子公司的股东，一般只在出资范围内对子公司的债务承担有限责任。除非总公司存在过错，如滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，才可能对子公司的债务承担连带责任。但这种情况需要具体的证据支持，并非普遍适用。

2. 子公司不具有独立法人资格或特殊情况：

   • 分公司或非法人分支机构：如果所谓的“子公司”实际上并不具备独立法人资格，而是总公司的分公司或非法人分支机构，那么它不能独立承担民事责任。在这种情况下，总公司应当作为被告，因为分公司或非法人分支机构的民事责任最终由总公司承担。
   • 总公司直接参与或控制：即使子公司具有独立法人资格，但如果总公司直接参与了纠纷或侵权行为，或者对子公司的行为进行了实质性的控制，导致子公司成为总公司的“工具”或“代理人”，那么总公司也可能被视为共同被告或需要承担连带责任。

3. 法律关系的复杂性：

   • 合同相对性原则：在合同纠纷中，通常遵循合同相对性原则，即合同双方当事人之间的权利义务关系。如果合同是子公司与第三方签订的，那么子公司通常是合同纠纷的被告。但如果总公司以某种方式参与了合同的签订或履行，或者合同中有明确约定总公司承担责任，那么总公司也可能成为被告。
   • 侵权责任：在侵权纠纷中，如果侵权行为是由子公司实施的，那么子公司通常是侵权纠纷的被告。但如果总公司对子公司的侵权行为存在过错或控制，也可能需要承担连带责任。

法律建议：

• 在确定被告时，应首先审查子公司的法人资格和独立性，以及总公司与子公司之间的法律关系。
• 收集并分析相关证据，包括合同、公司章程、股东会决议、财务报表等，以确定总公司和子公司在纠纷中的角色和责任。
• 如果情况复杂或存在争议，建议咨询专业律师进行详细分析和评估，以便更准确地确定被告和制定诉讼策略。

总结来说，在民事案件中确定总公司和独立法人的子公司谁是被告，需要综合考虑子公司的法人资格、总公司与子公司之间的法律关系、合同相对性原则以及侵权责任等多个因素。如有具体案情或疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律分析和建议。