非法码头的处罚需根据具体违法情形，结合行政、刑事及民事责任综合判定，主要处罚方式如下：

1. 行政处罚

   • 责令停止违法行为：根据《中华人民共和国港口法》第四十五条，未经依法批准建设港口设施使用港口岸线或经营港口业务的，由县级以上地方政府或港口行政管理部门责令限期改正，逾期不改正的，强制清除并承担清除费用。
     
   • 罚款：对非法建设码头设施或经营港口业务的行为，可处5万元以上20万元以下罚款；若涉及未经批准占用岸线，可能面临更高额罚款（具体依地方性法规，如《江苏省港口条例》规定最高可罚50万元）。
     
   • 没收违法所得：若非法码头已产生经营收入，行政机关可没收全部违法所得，并处违法所得1-3倍罚款。

2. 刑事责任

   • 非法占用农用地罪：若码头建设占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途且数量较大（如占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），可能触犯《刑法》第三百四十二条，处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     
   • 污染环境罪：若非法码头运营中存在排放、倾倒或处置含重金属、有毒物质等污染物，且严重污染环境（如致使公私财产损失30万元以上），可能构成《刑法》第三百三十八条规定的污染环境罪，处3年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金；后果特别严重的，处3-7年有期徒刑并处罚金。

3. 民事赔偿

   • 生态修复责任：非法码头若破坏水域、岸线生态，行政机关可责令责任人承担修复费用或直接组织修复，费用由责任人承担。
     
   • 相邻权损害赔偿：若码头运营影响周边居民用水、通行等相邻权，受害方可依据《民法典》第二百八十八条要求停止侵害、赔偿损失。

补充说明：

• 处罚程序需严格遵循《行政处罚法》，包括立案、调查取证、告知权利、听证（如当事人申请）及作出处罚决定等环节。
  
• 若对处罚决定不服，当事人可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有具体案件细节（如码头规模、占用土地性质、是否造成污染等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供更精准的分析。