结论：在您已经履行还款义务但对方不撤诉的情况下，您应通过积极沟通、准备充分证据、必要时通过法律途径解决争议，以维护自身合法权益。以下是具体分析和建议：
一、积极与对方沟通
目的与方式：首先，您应主动联系对方，明确告知其债务已经清偿的事实，并提醒对方及时向法院提交撤诉申请。了解对方不撤诉的具体原因，可能是对还款存在误解或有其他未满足的诉求。沟通方式可以选择书面信函（保留邮寄凭证）、电话（记录通话内容或时间）、电子邮件、微信或短信等，确保沟通正式且友好。
保留证据：在与对方沟通过程中，务必保留相关记录，如聊天记录、通话录音等，以备后续需要。这些证据将有助于证明您已履行还款义务，并尝试通过沟通解决问题。
二、准备并提交还款证据
证据内容：整理并准备好所有相关的还款证据，包括但不限于转账记录（微信、支付宝、银行转账等电子凭证及纸质凭条）、收条、双方关于还款的聊天记录、通话录音、借据、合同等。这些证据是证明您已归还欠款的关键依据。
提交证据：如果沟通无果，您应及时向法院提交这些证据，以证明债务已经消灭。提交方式可以选择法院专递邮寄或直接到法院立案窗口提交，并向法官说明债务已经履行完毕的情况，申请法院审查并考虑终结诉讼程序。同时，保留好提交凭证，以备后续查询。
三、通过法律途径解决争议
查询案件进展：您可以拨打法院的诉讼服务热线或直接到法院立案庭、审判庭咨询，提供案件相关信息，了解案件目前的状态及法院对该案件的后续安排。这有助于您及时掌握案件动态，为后续行动做好准备。
申请法院裁定：如果对方经沟通后仍不配合撤诉，您可以向法院提交书面申请，详细说明债务已清偿的事实和理由，附上还款证据，请求法院依法裁定终结诉讼程序。申请应包含申请人信息、案件基本情况、申请事项（请求终结诉讼）以及事实与理由等内容，确保格式规范、表述清晰准确。
出庭应诉：如果案件进入庭审阶段，您需要委托律师或自行出庭应诉。在法庭上，清晰、准确地阐述已经还款的事实经过，提交准备好的证据，并针对对方的诉求进行合理答辩。法院将根据双方的证据和法律规定进行审查核实，并作出最终的判决。
四、注意事项
尊重对方权利：即使您已还清欠款，对方仍有权在法律规定的范围内行使其诉讼权利。因此，在处理此类问题时，您应尊重对方的诉讼权利，避免采取过激行为或言语攻击，以免激化矛盾。
及时应对：不要忽视或拖延处理此类问题，以免给自己带来不必要的法律风险和损失。及时采取行动，保护自己的合法权益是至关重要的。
了解法律规定：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，民事诉讼应遵循诚信原则，且当事人有权在法律规定的范围内处分自己的民事权利和诉讼权利。宣判前，原告有权申请撤诉，但是否准许由人民法院裁定。这意味着撤诉并非由原告单方面决定，而是需要经过法院的审查与裁定。因此，即使对方不撤诉，法院也将根据案件实际情况作出公正的裁决。
五、可能存在的其他纠纷
尽管欠款已经还清，但对方未撤诉可能意味着双方之间还存在其他纠纷或争议。因此，您需要仔细审查对方的诉讼请求和理由，以便更好地应对可能的纠纷。如果对方提出其他诉求或争议点，您需要准备相应的证据和答辩材料进行应对。
面对已经偿还欠款但对方不撤诉的情况，您应积极采取措施与对方沟通、准备证据、通过法律途径解决争议，并注意尊重对方的诉讼权利、及时应对以及了解法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。