结论：银行逾期90天后还的钱是否算本金，这并非一个绝对固定的答案，而是取决于贷款合同中的具体约定以及银行的实际操作方式。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同约定角度：
- 本金与利息的偿还顺序：在贷款合同中，通常会明确约定本金和利息的偿还顺序。有些合同可能规定先偿还利息，再偿还本金；而有些合同则可能规定本金和利息按一定比例同时偿还。因此，逾期90天后还的钱是否算本金，首先需要查看贷款合同中的相关约定。
- 逾期罚息与违约金：合同中还可能规定逾期罚息和违约金的计算方式。这些费用通常是在逾期后产生的，并且可能优先于本金和利息的偿还。因此，在逾期90天后还款时，需要明确这部分费用是否已经包含在内，以及它们是如何影响本金和利息的偿还的。
银行实际操作角度：
- 还款处理流程：不同银行在处理逾期还款时可能有不同的流程。有些银行可能会在收到还款后，首先用于抵扣逾期罚息和违约金，然后再按照合同约定的顺序偿还本金和利息。而有些银行则可能直接按照还款金额的比例来分配偿还本金和利息。
- 与银行沟通：为了准确了解逾期90天后还的钱是否算本金，最直接的方式是与银行进行沟通。银行可以根据贷款合同和实际情况，提供详细的还款明细和解释。
法律角度：
- 合同法的适用：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，贷款合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。因此，在解释和执行贷款合同时，应遵循合同法的原则和精神。
- 公平原则：在贷款合同中，双方的权利和义务应相对平等。如果合同中的条款存在显失公平的情况，如逾期后还款全部算作利息而本金未减少，那么这样的条款可能面临被法院认定为无效的风险。
建议与行动：
- 查看贷款合同：首先，应仔细查看贷款合同中的相关条款，特别是关于本金和利息偿还顺序、逾期罚息和违约金计算方式的部分。
- 与银行沟通：如果合同中的条款不够明确或存在疑问，建议与银行进行沟通，了解银行的实际操作方式和还款处理流程。
- 寻求法律帮助：如果与银行沟通后仍无法解决问题，或者认为合同中的条款存在不公平或违法的情况，可以寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
示例说明：
假设某贷款合同中规定，逾期后还款首先用于抵扣逾期罚息和违约金，剩余部分再按照先利息后本金的顺序偿还。如果逾期90天后还款1000元，其中逾期罚息和违约金共计200元，那么剩余的800元将首先用于偿还利息，如果利息已还清或不足800元，则剩余部分将用于偿还本金。
总之，银行逾期90天后还的钱是否算本金，需要综合考虑合同约定、银行实际操作和法律原则等多个因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。